“矿监”随意指认富家宅地有矿可采，乘机勒索，以致于“孑孑小民，或弃妻子，鬻田宅偿公家，而犹不给，生者流离道路，死者委填沟壑”。（24）在经济权利毫无保障的情况下，市民阶层各个集团从自身的利益出发，与封建特权展开形式各异的斗争，提出不同的政治主张。
市民等级的斗争不同于以往农民的暴动，不直接以更替政权为目的，具有强烈的政治倾向，企图通过改良维护该阶层的利益。其中斗争最坚决的是平民阶层；最初只是反对内监和“矿税”，而大规模的市民运动要在嘉靖以后，特别是万历时代城市工商业者和手工工人的反抗运动。万历二十七年（1599）四月，临清市民一万多人揪打税使马堂，烧税署，毙其爪牙三十七人。“（万历三十年）税监杨荣，肆虐激民，民不胜愤，火其厨房，杀委官张安民。”（25）其后，在湖广、云南、闽粤地区都相继发生了反对矿税的斗争。
城市中等阶级反对派运动的标志事件，是天启年间，在长江流域以无锡为中心的东林党运动。东林党代表城市中等阶级的改良集团，提倡自由讲学，自由结社。中国封建社会的政治制度，是由君主专制制度和官僚制度相结合而产生的。东林党认识到，要澄清吏治首要严肃京察，限制最反动的上层官僚和宦官的特权。“长安（指京师）之贿风不戢，则外吏之盗行难除”。万历十五年丁亥京察是东林党整饬吏治的尝试，及至万历二十一年京察虽都失利，但东林党人的影响就从这里开始。赵翼说：“赵南星由考功郎罢归，名益高。与（邹）元标，（顾）宪成海内拟之三君，其名行声气足以并走天下，天下清流之士群相应和，遂总目为东林。
东林党代表中等阶级的政治要求，阉党代表最腐朽的君主专制的权力。新的生产力和旧的生产关系发生了激烈的冲突的时候，落后的东西不会自动地消失，反作最后的挣扎。这场斗争因为东林党的组阁演化为政治迫害，“一切书院尽行拆毁，变价入官”，阉党炮制了《东林朋党录》等诬蔑东林党的文字。东林党与历朝朋党不同的是东林党取得了广大民众的支持与同情，尤其是市民阶层。“他已经不完全是一个封建性的政治集团；而是江南中小地主与城市反封建的中等阶层的联盟”。（26）因此东林六君子狱引发“士民”的反抗运动不足为奇。如杨涟被逮，“都市士民数万，拥道攀号，争欲碎官旌而夺公”。（27）再如周顺昌就逮，“士民夹道”而抗议，“郡中士民送者数万”，“百姓执香伏地，呼号之声如奔雷泻川”。甚至有暴力抗法的，黄遵素被逮后，锦衣卫“凌铄市民，一人偏袒呼曰：‘是何得纵。’一招而击者云集，遂沉其舟，焚其衣冠，所得辎重悉投之河。”这些抗议运动正发生在手工业发达的苏常一带；也正是市民阶层最集中的地区。明张溥所撰《五人墓碑记》可以略见梗概：“五人者，盖当蓼洲周公之被逮，激于义愤而死焉者也。”（*蓼洲周公即周顺昌；字昌文，号蓼洲，万历进士，历任推官、吏部主事，后被阉党下诏狱。）“予犹记周公之被逮，在丁卯三月之望。吾社之行为士先者，为之声义，敛赀财以送其行，哭声震动天地。”（28）（*吾社即复社，张溥等人于崇祯年间合并江南若干文社组成的社团，以继承东林党为号召故称复社）。朝野之间，鲜明的政治分野，说明地方上新的经济因素的增长与中央政治体制不相适应。黄仁宇在《放宽历史的视界》一书谈到“中国的中央体制，是以落后地区为标准的”。（29）明朝统治中国，凡二百七十六年，跨十四至十七世纪，此为西欧诸国近代社会形成及资本主义发展之际。中国政府则在此时期巩固其中央集权，因中央集权之结果，政府之经济政策不能以经济高度发展地区之情形为基础，而系以经济低度发展地区之情形为基础。东林党自由讲学、自由结社不仅评议时政，还直接参与政治革新。作为松散而有政治倾向的政治势力，具有类似近代政党的作用机制，是市民阶层兴起后在中国社会中的深刻印记。
市民阶层兴起后不仅提出自己的政治要求，对社会风俗和文化取向上发生着潜移默化的作用。过去遭受鄙视的商人的地位空前提高，逐末营利成为风气，商人奢侈的生活方式吸引着新兴的市民阶层，思想文化领域充满新旧矛盾。一方面封建社会的性质依然如故，封建的经济基础和君主专制政治仍占据局统治地位；另一方面这一时期的手工业和商业得到迅速发展，商品经济空前活跃，市民阶层对金钱和享受的追求影响社会生活的各个层面。以李贽为代表的进步思想家公开主张言“私”言“利”，把“好货好色”作为人生的自然需求，对“存天理，灭人欲”的理学教条提出勇敢的挑战。
市民阶层在意识形态层次的作用，首先表现在士林风气上。封建社会“学而优则仕”是读书人唯一的出路，“万般皆下品，惟有读书高”成了士人标榜的信条。到了明季，仕途未明而弃儒经商者比比皆是。明末冯梦龙所著话本小说《警世通言》四十九卷《旌阳宫铁树镇妖》一篇中记有“金陵人氏，自幼颇通经典，不意名途淹滞，莫能士达，今作南北经商之客耳。”市民意识是恃强大的商品经济为依靠，随着商业资本的膨胀，封建传统的观念产生动摇，知识分子在此冲击下产生分野：一类仍局郁于农业社会的封建正统观念：一类受到商业思想的影响，开始认同并融入商业社会。在封建社会里；入仕作官固然是读书人孜孜以求的理想，但真正科甲出身的毕竟只是凤毛麟角。明府州县卫所皆建儒学，教官四千一百余员弟子无算，又凡生员入学始得应举，而会试每三年一大比，一次不过录用二三百人，有时更为不济。永乐十年二月，会试天下举子。上谕考官杨士奇，“数科取士颇多，不免玉石杂进，今取毋过百人”，“正统五年十二月，始增会试中试额为百五十人，应天府乡试百人”。（30）读书人入仕还有一个途径，就是科贡官。凌梦初著《二刻拍案惊奇》卷二十六《教官爱女不受报，穷庠生助师得令终》写道：“浙江温州府曾有一个廪膳秀才，姓韩名赞卿，屡次科第，不得中式，挨次出贡，到京赴部听选。选在广东一个县学里的司训。”但科贡官不但地位与进士官无法相比，而且升迁机会极渺茫，即使少数能进身为大僚也常遭进士官的区度《日知录》卷十七也有言及此事的“明初荐辟之法既废，而科举之中犹重进士。神宗以来遂有定例。州县印官上中为进士缺，中下为举人缺，最下乃为贡生缺。举贡官虽至方面，非广西，云贵不以处之”。（31）《警世通言》卷十八《老门生三世报恩》一篇中即讲到科贡官的难处。“科贡的官，一分不是就当做十分，悔气遇者着别人有势有力，没处下手。随你清廉贤宰，少不得借重他替进士顶缸”。科贡又是按照常例因循而下，大部分的读书人长期处于失业状态。既然言私言利已成风气，在生活所迫下，从事工商亦是顺理成章。顾炎武在《日知录》中记载“读孔孟之书，而进管、商之术，此四十年前士大夫所不肯为，而今则滔滔借是也”。（32）
其次，市民阶层兴起对晚明学术的影响，晚明学术一大特点是启蒙思潮对人性的解放。如果说欧洲文艺复兴时代的哲学文艺是市民阶层的产物，那么晚明的新思潮可以看作是知识阶层和市民阶层互相交流融汇的结果。农业社会中，封建君主为了在思想上钳制民众的觉悟，大兴官方学术。西汉初董仲舒的“天人合一”说，宣扬独尊儒术。魏晋的谶纬图学及至唐宋儒释合流终于形成宋明理学，理学的发展正是封建统一帝国及专制主义发展到极致的时候，理学正适应君主专制的需要。朱熹云：“凡有形之象及器也，所以为是器之理则道也。”把理视为一切事物不可逾越的必然，认为理在物先。“问：天地未判时，下面许多都以有否？曰：只是都有其理而理。天地万物千万年，古今只不离许多物。”（33）朱子又说：“未有这事，先有这理。如未有君臣，已先有君臣之理；未有父子，以先有父子之理。”（34）一句话暴露了所谓理学就是要维系君臣父子之理，最终目的要论证君权的合理性。宋明理学家兼把孔子的“克己复理”提升到存天理灭人欲的高度，违背了学术的出发点是为了更好的发扬人性。“中国人民所服从的‘存天理，灭人欲’之原则，正如黑格尔之所谓普遍的意志一样，服从就只是服从而已，全无反省与自我可言。”（35）戴震对“存天理，灭人欲”的学说极为痛恨，其言有曰：“圣人之道使天下无不达之情，求遂其欲，而天下治。后儒不知情之至，于纤微无感是谓理，而其所谓理者，同于酷吏所谓法。酷吏以法杀人，后儒以理杀人。”（36）
中国的启蒙思想家如何心隐，李贽以至王夫之，黄宗羲，顾炎武，等人都从各自的角度阐释新的经济条件下对上层建筑、意识形态的变革要求。他们把学术同时政相联系，提出“经世致用”的思想，与市民阶层要求参政议政的社会思潮相一致。李塨在《未坠集序》里说“学术者，人才之本，人才者，政事之本，政事者，民命之本”，（37）学术不再是束之高阁的清谈，而要关心“民命时务”。启蒙的学者在他们的学说中反对理学的思想禁锢，倡导自由的风气，广泛传播土地的平均思想。启蒙学者，早如东林党自由结社讲学的主张，反映市民阶层天生的自由主义的倾向，他们呼吁“饮食男女，人之大欲有焉”。
启蒙学者在经济思想方面反映市民阶层的基本要求，在他们中提出了“自由私产”的主张。李贽曾说道：“私者，人之心也。人必有私而后其心乃见。……如服田者私有秋之获，而后治田必力；居家者私积谷之获，而后治�