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彭德怀闻讯赶来，邓萍已经流尽鲜血，彭德怀抚着战友的遗体，连声呼唤：“邓萍同志，邓萍同志！”泪流满面。三军团指战员在悲痛中奋勇攻城，27日晚，红军一、三军团攻克遵义新城。28日拂晓，红三军团攻克遵义老城。十一团政委张爱萍在战斗结束后，挥泪赋诗，悼念邓萍，末句日：“遵义城下洒热血，三军征途哭奇男。”
2月28日上午，国民党中央军吴奇伟部两个师从乌江南岸驰援遵义。红三军团主力在老鸦山与敌展开激烈的争夺战，将敌击败，紧追不舍。一军团从左翼出击，一举突进敌人指挥所，两面夹击。敌全线崩溃，逃到乌江北岸，争相渡江，将乌江桥压断，人马纷纷落水，未及过江者，大都被歼。至此，红军连克桐梓、遵义两城，击溃黔军王家烈8个团，消灭吴奇伟部两个师，俘敌3000余人，取得长征以来第一个重大胜利，给蒋介石的追剿部队以沉重打击，为中央红军西进北上争取了主动。
遵义大捷后，彭德怀于3月2日给中革军委写了关于红三军团编制的报告。他心情沉重地说：三军团在娄山关、遵义城和老鸦山诸战斗中，减员很多。现在只有一个团能维持原编制，每连也只有五六十人。其余各团，每连仅编四五个班，只有大量补充才能维持4个团的编制。还说：两位团长负伤，6位营长伤亡，十团参谋长钟伟剑和军团参谋长邓萍牺牲，“现在各团部及军团参谋处一空如洗”，希望军委能够即刻派一位军团参谋长和其他指挥人员，以便继续战斗。从这份报告可以看到，红三军团在夺取娄山关、二占遵义城的战役中所付出的巨大牺牲。
不久，中革军委派红军名将叶剑英到三军团任军团参谋长，时间不长即离去，由萧劲光接任。
遵义大捷后，蒋介石慌忙飞抵重庆，亲自“督剿”，下达手令曰：“本委员长已进驻重庆，凡我驻川黔各军，概由本委员长统一指挥，如无本委员长命令，不得擅自进退，务期共同完成使命。”国民党中央军周浑元、吴奇伟纵队，黔军王家烈及川军等部云集遵义西北地区，企图一举将红军围歼在遵义、鸭溪狭窄地带。
毛泽东将计就计，命红军向黔军和周浑元纵队发起进攻，形成对峙后，出敌不意，突然挥戈北上。3月16日至17日经茅台三渡赤水河，再入川南，摆出北渡长江的姿态。蒋介石深恐红军渡江，急调重兵阻截。中央红军又速回师东进，返回黔省。3月21日至22日，经二郎滩、九溪口、太平渡四渡赤水，然后调头南下，将众敌远远甩在赤水河两岸。四渡赤水之前，就如何摆脱敌军的围追堵截，确定战略进军方向问题，彭德怀曾于3月20日向中革军委建议说：应以一部向西急进至扎西地区，以迷引滇敌；其余各部继向回龙场及其以西吸引川敌向古永移动，然后脱离该敌，速往赤水河掌握上游渡河点，在适当时机渡过赤水河，从毕节以东回到黔西、大定，再寻战机，打击王家烈和周（浑元）、吴（奇伟）两部。同时提出，目前红军应“避免与相等兵力决战”，一定保持自己的优势兵力，更不要“攻坚、乱碰”。这项建议体现了彭德怀善于在敌情十分复杂的形势中纵观战局，灵活转移兵力和变换战术的军事指挥才能。他提出机动灵活，集中优势兵力，争取主动，以少胜多的主张，与毛泽东的战略战术思想是完全一致的。
中央红军把众敌甩在赤水河两岸，南渡乌江。采取声东击西的战术，选派一部向贵阳东北方向佯动，作出与二、六军团会合姿态，而主力则在贵阳北通过息烽、扎佐，脱离敌人向东南机动。
其实，中央红军既不想占领贵阳，也不是东去湖南，而是调虎离山，把滇军引出来，以便西进，抢渡金沙江北上。
4月13日，彭德怀和杨尚昆就红军目前行动问题向中革军委提出建议：北盘江两岸石山耸立，居民多为苗族，地形和环境对我作战不利，应乘敌未到，迅速渡过北盘江，向滇急进，扩大机动区域，以便争取主动。这个建议旨在使中央红军跳出敌军重兵包围，迅速渡过北盘江入滇，实现北渡金沙江的意图。
军委接受了彭、杨建议。4月17日，中央红军跨过北盘江，突进云南，连取数城，直逼昆明。而这时，滇军刚被东调入黔，到贵阳为蒋介石保驾，昆明几乎是座空城。云南省主席龙云，深怕红军抄了他的老家，一面向蒋介石呼救求援，要滇军返回，一面急调各地民团前来增援。然而中央红军只在其附近虚晃一枪，跳出重兵包围，即向西北迅速前进。
中央红军分路向金沙江急进。红三军团为右纵队，先抢占了洪门渡口，因水流湍急，无法架桥，未能渡江。此时，中路纵队先遣队干部团在皎平渡偷渡成功，控制了渡口。5月5日，彭德怀率红三军团赶往皎平渡。9日，红军全部渡过金沙江。至此，中央红军终于摆脱了国民党蒋介石几十万敌军的围追堵截，把敌人抛在金沙江以南，取得了红军长征战略转移中具有决定意义的胜利。
抢渡金沙江成功后，为扼阻追敌，争取红军在长期行军作战后，得到必要的休养和补充，中革军委决定红三军团和干部团主攻会理城。会理城有内外两城，城墙高厚，红军没有足够炮火，子弹每人也只有几发，攻城的唯一办法仍是坑道爆破。彭德怀和战士一起奋战五昼夜，于14日晚起爆，却因炸药不足只将城东北角炸塌，城内守军以几挺机枪交叉射击，红军冲不进城，会理未能打下。
红三军团继续围会理，守军龟缩在城内不敢出击，红军主力得以在城外休整。
这时，在红军领导层中出现了一场风波。遵义会议后，毛泽东为摆脱敌人的重重包围，指挥中央红军与敌人进行了频繁的战斗和大踏步的回旋转移。红军一些指战员极端疲惫，又对中央战略意图不明，产生了埋怨情绪。红一军团军团长林彪基于这种情绪，给中革军委写了一封信，要求改换中央军事领导人。
5月12日，中央政治局在会理城外铁厂举行扩大会议，各军团主要负责人也参加了会议。
会议批评了林彪，又指责了彭德怀，说林彪的信是彭德怀“鼓动起来的”。林彪信的大意是：毛泽东指挥军队作战是不行的，应当解除其指挥权，让彭德怀指挥中央红军北进，与四方面军会合。
此事，毛泽东认为彭德怀的责任重大。毛泽东批评林彪说：“你懂得什么？你不过是个娃娃。”又严厉批评彭德怀说：“林彪的信就是你鼓动起来的！”红三军团政委杨尚昆当时正发高烧，是用担架抬着去出席会议的，可见气氛之紧张。
事情的原委是：一段时间内，林彪对红军在川、黔、滇实行灵活机动的战略战术不满意，说是“走弓背路”、“造成疲劳”、“拖垮部队”等。一次，林彪在电话中对彭德怀说：“蒋介石和龙云的追兵现在虽然暂时摆脱了，但他们是不会停止追击的。我们前有川军阻截，后面追兵又要赶上，只在这一块狭小地区，是很不利的。我看该由你来指挥，赶紧北进吧！”①
“我怎能指挥北进，这是中央的事。”②彭德怀便回绝了林彪。
会理会议还根据刘少奇与杨尚昆共同署名给中央的一封电报中所反映的意见，批评彭德怀是“对失去中央苏区不满和右倾情绪的反映”。③指责他不在这封由刘少奇起草的电报上署名，是有意向中央隐瞒情况。刘、杨给中央的电报，反映了彭德怀同刘少奇谈到的关于部队指战员因连续作战而产生的一些思想负担，和过度疲劳的情况，以及不同意进行鲁班场和习水战斗的意见。
对于会议的批评，彭德怀觉得突如其来，且与实际情况有出入，但大敌当前，他感到应以团结为重，当时在红三军团指战员中也确实存在着一些怀疑、埋怨情绪，遂承担责任，做了自我批评，还表示：“坚决拥护新领导，继续北上，与四方面军靠近。”他批评林彪说：“遵义会议才改变领导，这时又提出改变前敌指挥是不妥当的，提出我更不适当。”同时声明：“这封信，事先我不知道。”④
1959年庐山会议上，毛泽东重提此事，以说明彭德怀在历史上长期和他有七分不合作。这时，林彪当场声明说，那封信与彭德怀无关，他写信彭德怀并不知道。历史真相方得到澄清。
就当时形势而言，会理会议通过批判林彪的信，通过批判刘、杨的电报所反映的问题，纠正了当时在红军中存在的消极情绪，统一了全军的思想和行动，是具有积极意义的。
中央红军渡过大渡河后，继续北进，击溃在天全河堵截的川军杨森部，攻占了天全、宝兴、芦花。继而，翻越长征途上的第一座大雪山——夹金山。
夹金山又名甲金山，横亘于宝兴与懋功之间，只有翻过夹金山才能进入川西北。夹金山地形陡险，主峰海拔5000多米，终年积雪，空气稀薄，行人呼吸困难。山上气候变化无常，时而大雾迷漫，风雪交加；时而烈日当头，骄阳似火。中央红军长途跋涉，辗转苦战，给养困难，体力虚弱，要翻越大雪山着实困难。为了革命，红军指战员互相鼓励，扶持前进。
红三军团进至雪山脚下，彭德怀下令暂憩，亲自检查部队过山准备。大家吃着各自携带的干粮，彭德怀忽然发现军团教导队队长孙毅没有东西吃，马上把孙毅叫过来，从自己的干粮袋里倒出一半给他。孙毅不肯要，彭德怀笑笑说：“有福同享，有难同当，见面分一半嘛！”孙毅后来回忆说：“这件事我终身难忘，彭总那颗朴实和善良的心，清澈可见。”⑤
红三军团警