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排袁之声一浪高于一浪，纷传袁世凯权高势重、居心叵测，将步曹操、刘裕后尘，不利于皇室。袁世凯觉得气氛不对，接连上疏，朝廷均未理睬；召见时，又面奏令守旧大臣致休，遭慈禧太后严厉斥责，并示之参劾他和奕劻的奏章。此时，他方感处境危殆，恐惧万分，借阅新军秋操为名急急请训出京。物议大哗，一片“袁世凯宵遁”之声。
慈禧太后怕成立责任内阁后君权旁落，加之对袁世凯已生疑忌，没有同意设立责任内阁，仍旧保留了军机处。袁世凯没有捞到副总理大臣之位，反而于光绪三十二年（1906年），因中央官制改革而被迫辞去兼职，并将北洋军一、三、五、六各镇交陆军部直接管辖。次年，又被清廷以明升暗降之法调离北洋军，到北京任军机大臣兼外务部尚书。
光绪三十四年（1908年）十月，光绪帝、慈禧太后相继故去，宣统帝继位，摄政王载沣监国。载沣当政以后，对袁世凯势力的过分膨胀深感不安。宣统元年（1909年），以袁世凯“患足疾，步履维艰，难胜职任”之由，将其开缺回籍养病，剥夺了袁的一切军政大权。但是，袁世凯已利用新政时期急剧扩张的军事政治实力，将其“爪牙布于肘腋”，“心腹置于朝列”了。
如何评价袁世凯与“维新”呢？史家袁伟时有这样一句话，可为参考：对政治人物，与其追究其道德，不如认真关注他在制度建设上的取向和作为，那才是影响深远的东西。
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清帝逊位（1）
袁世凯被赶出朝廷后，“隐居”河南彰德。他在洹河北岸购买原天津盐商何炳莹的一座别墅，扩充改建，成为名“洹上村”的巨宅。整个巨宅约公顷，宅四周筑高大围墙，建有炮台。宅中置花园，名“养寿园”，开渠引漳河水入园，小溪长流，山林峻石，亭台水榭。距“洹上村”不远，有河南著名的风景区百泉和苏门山。袁世凯时常流连于山水之间，头戴斗笠，手执钓竿，时而闭目养神，时而凝望沉思，做姜太公钓鱼愿者上钩之状。
袁世凯名为“退隐”，实际无时无刻不在窥测方向，准备东山再起。袁世凯在家中设立了电报处，通过电台频繁与亲朋故旧往来通讯；北洋军将领、他安插在政要部门的爪牙心腹、各地官绅也公开或秘密地纷纷前来拜访他，向他报告外间一切巨细信息。通过这些渠道，袁世凯敏锐地捕捉任何一个有用的消息，紧张地分析和思索政治局势，正所谓足不出户而知天下事。袁世凯胸有成竹——他一定会再度出山，只是出山时机未到。袁世凯迫不及待想知道这一时机应在什么时候，于是请了一个有名的瞎子算命，瞎子告诉他：到辛亥八月节，官星就动了。
1911年（即辛亥年）10月10日，武昌革命党人发动武装起义，武汉三镇失守，湖广总督瑞澄，第八镇统制张彪弃城逃跑。陆军大臣荫昌前往救援，然所率两镇陆军大部是袁世凯北洋旧部，指挥不灵。
与袁世凯有密切关系的内阁总理大臣奕劻，协理大臣那桐、徐世昌再次向载沣提请起用袁世凯。英法德美等国害怕影响他们在华投资利益，也纷纷向清廷施加压力，指名要求起用袁世凯。美国、法国银行团的代表司戴德和贾恩纳指出：袁世凯在训练新军方面做过许多工作，看来他是制止叛乱浪潮、争回不忠的军队以及同起义首领中的某些人达成协议的唯一人物。
美国派人入宫觐见，以命令口吻知会清廷：不是任用袁世凯作一个寻常的高级官吏，而是要任用他作朝廷的顾问兼皇权执行者。
前将袁世凯解任的载沣虽不情愿，但1905年至1910年全国各地革命党的武装起义、老百姓的抢米风潮，以及统治层中的立宪斗争和争取路权的斗争，已使清廷焦头烂额、疲于应付，此时环顾文武百官，竟没有哪个能收拾得了当前的局面，为解眼前之急，不得不请袁世凯出山。1911年（即辛亥年）10月14日，清廷发布上谕，任命袁世凯为湖广总督，督办剿抚事宜。出乎人们意料的是，早就等着这一天的袁世凯，竟讽刺性地以“足疾”为由推辞不就，他上疏称：“旧患足疾，迄今尚未大愈。去冬又牵及左臂，时作剧痛”。“近自交秋骤寒，又发痰喘作烧旧症，益以头眩心悸，思虑恍惚”。“现军事紧迫，何敢遽请赏假，但困顿情形，实难支撑。已延医速加调洽，一面筹备布置，一俟稍可支持，即当力疾就职，借答高厚鸿慈于万一。”
奕劻深知袁世凯不可能无条件出山，即派徐世昌前往彰德。袁世凯与徐世昌密商后，提出了6条：1。明年即开国会；2。组织责任内阁；3。宽容参与此事件诸人；4。解除党禁；5。须委袁世凯以指挥水陆各军及关于军队编制的全权；6。须与袁世凯以十分充足的军费。此6条缺一不可，否则决不出山。
袁世凯要的不是督办剿抚事宜的湖广总督，袁世凯要的是内阁总理大臣和军事大权。清廷亲贵理所当然地大骂袁世凯趁火打劫，漫天要价。可袁世凯有恃无恐，毫不在乎。
全国各地都爆发了响应武昌的起义，革命党人节节胜利，清军空有荫昌指挥，实受袁世凯遥控，一味“固守”、“慢慢走，等等看”。正所谓“急中风遇上慢郎中”，面对眼前岌岌可危的形势，载沣一筹莫展，只得授予袁世凯军事大权，任冯国璋总统前线第一军，段祺瑞总统第二军，均隶属于袁世凯；拨直、奉两省武器装备新募兵员；有“不得力将弁”，准袁世凯“随时撤换”，“统制以下如有煽惑观望及不遵命令、退缩不前者”，准袁世凯“即按军法从事”。
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清帝逊位（2）
兵权到手，袁世凯并不买账——离全部6条还差得远呢。他再次电奏推辞，说了一通“惟以时事方艰，不敢不竭尽血诚，勉图报称”，“终期荡平逆匪，借以仰答生成”之类隔靴搔痒的空话，再也没有什么具体的表示。
1911年10月底，清廷腹地出现了危机。10月27日；屯军滦州第二十镇统制张绍曾联合第二混成协统领蓝天蔚等电奏清廷，提出速开国会，改定宪法，组织责任内阁，皇族永远不得充任内阁总理大臣、国务大臣，国事犯之党人一律特赦擢用等12条，并致电革命党，表示断不会督师南下与民军作战。10月29日，山西太原新军起义，阎锡山被推为军政府都督。
10月30日，昆明新军起义，蔡锷为军政府总督。10月31日，南昌新军起义，也成立了军政府。清王朝危在旦夕。
载沣被迫于10月30日以皇帝名义一连颁发四道上谕：实行宪政；迅速起草宪法；革除亲贵秉政，成立内阁，不再以亲贵充国务大臣；大赦国事犯。这实际上是对袁世凯6条要求的回应。袁世凯得到了他想要的一切，10月31日离开彰德，到信阳与荫昌进行交接。11月1日奕劻奏请辞职，清廷即准，授袁世凯为内阁总理大臣，着其即行来京，组织完全内阁。据说袁世凯接到诏旨后大笑。但他撑足了架子，第三次电奏推辞。清廷知其之伪，只促其进京。袁世凯留个后手，再提出内阁总理大臣由国会公举，否则前命不敢奉诏。11月8日，资政院开会，正式选举袁世凯为内阁总理大臣。一周之后，袁世凯进京组阁，迫使摄政王载沣退回藩邸，自己接管了清廷的军政大权。
袁世凯掌权后，对革命党既打亦拉，频频试探革命党对自己的态度。革命党人态度不一。已进入革命党人阵营的旧官僚黎元洪指出：这个时候，不将皇上推倒，随便和了，以后大权归他，他更比从前加一倍的狠，我们更无有法子了。彼（袁世凯）握有大权，然后驱逐满人，自践帝位。
同盟会第二号人物、民军总司令黄兴致信袁世凯，劝他起义反正，说：人才原有高下之分，起义断无先后之别。明公之才能，高出兴等万万，以拿破仑、华盛顿之资格出，而建拿破仑、华盛顿之事功，直捣黄龙，灭此虏而朝食，非但湘鄂人民戴明公为拿破仑、华盛顿，即南北各省，当亦无有不拱手者。苍生霖雨，群仰明公，千载一时，乞毋坐失。
同盟会员汪精卫明确鼓吹：中国非共和不可，共和非公（袁世凯）促成不可，且非公担任不可。
袁世凯则命令北洋军攻占汉阳，之后，按兵不动，逼迫革命党坐到谈判桌前。
时南方各省纷纷独立，脱离清廷统治，但各自为政、群龙无首，没有统一的领导机构。11月30日南方各省代表在汉口英租界举行第一次联合会。同日，袁世凯通过英国领事馆向南方各省代表会议提出和谈。南方各省代表立即同意。他们认为与力量强大的袁世凯对抗没有必胜的把握。如果袁世凯能够反戈，倒向共和，可以避免过多的流血牺牲，早日实现推翻清朝的目标。因而各省代表会议决议，若袁世凯反正，即公举他为临时大总统。并公举伍廷芳为议和全权代表，拟定具体和谈纲要四条：一、推翻清朝；二、主张共和；三、礼遇皇室；四、以人道主义待满人。清廷一方则授内阁总理大臣袁世凯为与南方民军和谈的全权大臣。袁世凯委派唐绍仪为和谈总代表，所定基调冠冕堂皇：“君主制度万万不可变更”，“只有维持君宪到底，不知其他”，“将来国民程度渐渐开通，懂得共和的真谛，再慢慢改为共和政体”。
自12月17日至12月31日，伍、唐共举行了5次和谈。正式和谈之外，又有南北军代表私下进行的秘密和谈。史称南北议和。直到翌年1912年2月清帝逊位之前，南北一直在停停谈谈。南北和谈的基本内容是国体——共和，还是君宪；南北和谈须解决的关键问题实际是袁世凯的位置——能否当大总统。
对于南北和谈欲以总统之位换取袁世凯支持共和的建议，袁世凯的态度开始是佯装