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李斯取缔书籍的行动是对非法家思想的存在的一种反应，他认为这些思想会危及国家。它的直接原因是淳于越关于把帝国重新分成诸侯国的建议。这种思想与有儒家思想的文人的志趣是相投的。而且淳于越是前齐国（儒家的中心）人。从思想上说，他很可能就是一个儒生。
淳于越是国家设置的博士官之一。在秦帝国时期，共有博士70人，可能因为这数字在传统上是孔子弟子人数的整数。这项制度象其他许多制度那样并非肇始于秦，因为在秦征服之前，生活在齐、鲁、魏的几个国家的学者据记载也有这个头衔。在公元前3世纪，几个大国的君主普遍供养了一大批学者，既是为了使用，也是为了提高自己的威望；秦国丞相吕不韦也这样做过。但是最著名的这类学者集团是以齐国国都的稷下闻名的那个集团，它在齐宣王治下（公元前319—前301年）创立，此后由齐王室维持。它在许多年中吸引了大批著名的思想家来到齐国，“博士”的称号起源于这个稷下集团之内，这一假设似乎是可信的。
这个问题又被以下的事实所证实：在公元前219年，秦始皇显然就是在原来的齐国领土上第一次遇到了博士。据记载，他一到泰山，就把“齐鲁（儒家的传统据点）儒生博士”70人召集在神圣的泰山山麓议事。他的目的是要为举行“封”祭制订礼仪。但是，当这些学者难以取得一致意见时（如上所述，这无疑是因为封祭在当时是创举），于是始皇帝干脆把他们斥退，自行其是地举行仪式。
这个开端虽不顺利，但秦的博士官（其成员意味深长地也是70人）很可能是这次召见所产生的结果。博士的威望在秦帝国时期依然是很高的，这可以从公元前213年焚书时他们的藏书可以免予销毁之事中看出。虽然许多博士的观点很可能是儒家的，但从几件事中清楚地看出，他们都被指望在当时的一切重要学术领域中都有造诣。现举一事为例：公元前210年，秦始皇在梦中与一海神交战，他召了一个“占梦”的博士来解释此梦。①汉代仍保持博士官之职，这些学者继续表现出其智能上的多样性。只是从汉武帝（公元前141—前87年）时起，随着儒家日益占有支配地位，他们的知识范围才变窄了，并成了某一儒家经籍的专家。在这方面所采取的一系列措施中，最重要的一项也许是，公元前136年汉武帝任命了“五经博士”。
法家本身在秦代远不是铁板一块的学派。它的两大支派被认为可以追溯到商鞅和与他同时代的申不害：前者强调严刑峻罚、连坐和赏罚分明；后者死于公元前337年，重视操纵不具人格的官僚行政所必需的“术”。有人坚决主张，这两派之间的差别很大，不能用法家一词来称呼申不害的一派，但此说未被普遍接受。②商鞅曾任秦国丞相，申不害曾任一个小得多的邻国——韩国——的丞相。从表面看，人们可以指望商鞅对以后的秦的统治方法会起重大的影响，可是当我们考察推行的统治方法时，它几乎没有表现出两人之间被假设的那种明显的差别。例如，李斯在其前209年关于督责的有名的奏疏中，同样称颂商鞅的法和申不害的术，并没有发现两者之间的矛盾。③在陈述以上的意见时，他引了最伟大的法家理论家韩非（死于公元前233年）的话：商鞅之法，申不害之术，“皆帝王之具也”。①更重要的是，1975年出土的法律文书，和单凭阅读关于商鞅政策的传统记载所产生的印象相比，表现出一种更实用，更折衷，更少片面性的行政方法。前面已经指出，虽然包括出土文书在内的法律是严厉的，但是似乎很难说它们就比同时代的普遍情况更加严厉。此外，这些法律决不只是惩罚性的。在行政方面，它们显示出一种对计量技术的兴趣和政治观点方面的深思熟虑，时代那么早，是很了不起的。我认为，与传统判断所承认的相比，商鞅和申不害的思想和政策并不那么矛盾，而更可能的是互补不足；在秦帝国时期法家理论在日常生活中的应用，也不象人们根据史籍记载的个别事件（著名的有焚书和可能是不可信的坑儒）或后世儒家作者的责难所设想的那样教条，而是比较通情达理的。
说到儒家，它的政治思想（例如恢复周初的分封制）对法家来说当然应予强烈谴责。可是它的社会和道德价值观念在秦始皇统治期间似乎非常成功地与法家思想并存。这个事实已被出土的法律材料和秦始皇碑文中夸大的言词所证实。前者的一个例子是公元前227年南郡郡守散发的家长式的告诫文告。它颂扬的法律是法家的，但其目的却是维护儒家主张的价值观：②“古者，民各有乡俗，其所利及好恶不同……是以圣王作法度，以矫端民心……凡法律令者，以教道（导）民，去其邪避（僻）……而使之之于为善殹（也）……”
这些法律文书中的另一个例子是25个标准“案例”（《封诊式》）的第17个，它虽然是抽象地制订出来作为法律诉讼的指南，但无疑有实际情况的依据。它的标题为“告子”：①“爰书：某里士五（伍）甲告曰：‘甲来子……不孝，谒杀，敢告。’”
爰书（报告）接着说，甲之子因此被拿获和受审讯，并且证明他“诚不孝”。很遗憾，它没有暗示什么行为应受不孝之名，也没有说明甲之子的最后下场。显然，其最后下场理应处死。这个例子表现出法家的严厉性，但它被用来维护根深蒂固的传统价值（在秦帝国时期是儒家的价值）。
秦始皇所立的碑文中同样充满奇妙的法家和儒家的混合思想。公元前214年的琅邪碑文在九行文字中记下了以下的感情：②端平法度。
（下略一行）
合同父子。
圣智仁义。
（下略四行）
上农除末。
在公元前218年的芝罘碑文中，秦始皇以儒家模式的圣贤统治者自居，象周王朝的创始人那样，为弱小惩治强暴邪恶：③皇帝哀众，
遂发讨师。
（下略一行）
义诛信行，
（下略两行）
烹灭强暴，
振救黔首。
公元前211年的会稽碑文中包括了大约13个世纪以后将在理学的道德中变得极为重要的一个教导：①有子而嫁，
倍死不贞。
李斯曾在公元前209年敦促秦二世“灭仁义之涂，掩驰说之口，困烈士之行，塞聪揜明”，②但不管象他那样的法家如何看待儒家，儒家思想在秦帝国时期无疑是有影响的。
在《史记》卷六中突出记述的另一种思想影响来自主张宇宙学说的五行（土、金、木、火、水）学派。这个学派主张，五行（又称德）根据一种或另一种不变的顺序固定地相承。自然的和人间的一切现象的变动是它们永恒的更替的结果。当应用到历史时，这种理论强调，每个朝代的统治者都受当时占支配地位的某个“行”的庇护。③但是，当轮到下一个“行”占支配地位时，一个新王朝的未来创建者可以通过适当的礼仪为自己取得这一“行”的支持，从而确保自己在政治上的成功。在战国时期，当周王朝（保护它的“行”据说是火）显然行将灭亡时，有些主张五行的宇宙论者公然自告奋勇，向那些希望取得下一个主宰一切的“行”——水——支持的统治者们提供秘传的技艺。
公元前221年在取得始皇帝的称号后，这个秦统治者据说立刻把注意力转向这个理论：①“始皇推终始五德之传，以为周得火德，秦代周德……方今水德之始……衣服旄旌节旗。皆上黑〔在五色中黑与水互有关系〕。数以六〔数中六与水互有关系〕为纪，符、法冠皆六寸，而舆六尺。六尺为步，乘六马。更名〔黄〕河为德水，以为水德之始。刚毅戾深，事皆取决于法。刻削毋仁恩和义，然后合五德之数。”
最后两句的宇宙论的根据是五行学派在水和冬季之间建立的相互关系。与水有关的冬季是黑暗和死亡的季节，因此专门选作进行法律诉讼，特别是执行死刑的季节。但是，根据几个理由，整段文字的历史真实性已经受到怀疑（见附录2），尤其明显的是，最后编者的两句批判性的话（“刚毅戾深，事皆取决于法。刻削毋仁恩和义，然后合五德之数”）是把整段文字收入《史记》的真正原因。虽然这个判断很吸引人，因为它与其他可能的窜改的明显意图是一致的，但它与其他的窜改不同，面临一些特殊的困难，所以人们只能把它视作一种值得注意的可能的见解，而不能视作结论性的合理假设。
在秦始皇的思想中还特别可以找到第四个大思潮，虽然不很贴切，它可以方便地称为道家。前面据以引证法家和儒家的混合观点的那块公元前219年的琅邪碑文，还包括一行能立刻联想到早期神秘的道家思想的文字：“体道行德。”②这里出现了两个关键的字，它们已是老子的《道德经》的书名。
但是，真正吸引秦始皇的道教是巫术、萨满教、健身法和静坐术、道家哲学及全神贯注于寻求长生灵药的阴阳五行论者的思想的奇异的大杂烩。崇拜这种思想的术士相信这样一种灵药可以找到或者制造出来。服用它就能保证一个人象住在某个仙岛或仙山上的仙人那样万寿无疆。这种信仰似乎在东北沿海（原来的齐国和燕国）特别盛行，“燕齐海上之方士传其术不能通，然则怪迂阿谀苟合之徒自此兴，不可胜数也”。①公元前219年当秦始皇首幸山东海滨并在琅邪立碑时，他第一次遇到术士。其中的徐市请求准许他去海上探险，寻求三个他说是神仙居住的琼岛。秦始皇因此耗费巨资，派他带“数百名”童男童女进行一次海上探险，但徐一去不复返。传说他们在日本定居了下来。
公元前215年当秦皇第三次亲幸海滨更北上河北时，他再次派卢生带三名方士出航寻找长生的灵药。秦始皇回京后，卢生也只好从无结果的航行中返回，他奏录图书，上写：“亡秦者胡也。”②秦皇