王们自己在法庭上陷入了绝境，供认了他们的罪行，承认两次忽邻勒台的合法性。蒙哥因此合法拥有了王冠。为了支持他们对汗位的所有权，拖雷系将蒙哥描绘成成吉思汗传统的化身，一位惟一不屈不挠恪守札撒的规范并具有执政资格的人。蒙哥本人自豪地主张“遵祖宗之法，不蹈袭他国所为”，①简洁地概括了拖雷系这方面的情况。为进一步地努力使他们自身遮蔽在祖先的覆荫之下，1252年，拖雷系开始正式地对成吉思汗表示崇拜。同时，埋葬在父亲身边的拖雷被追封为汗，并且也成为官方倡议的崇拜对象。
为反驳拖雷系的说法，窝阔台系只是争辩成吉思汗在指定窝阔台为他的继承人，曾经打算将汗位保留在他第三个儿子的家族里，因而，无论蒙哥得到什么资格或认可，都不能被认为是合法的大汗。当然，他们的前提是，拖雷系有争议的继承权源于成吉思汗和窝阔台在这个问题上的声明互相矛盾。无论拖雷系的这些或其他断言是否真实都不是关键，重要的是拖雷系广泛而且有效地传播了有利于他们的合法继承权的可信的事实。
政府机构
早在即位之前很长时间，蒙哥就为了可能将转移到拖雷系手中的皇家权力建立了一个影子政府。①新的中枢机构代替了由镇海和合答为首的政府，以皇家护卫军的指挥官忙哥撒儿为首脑。忙哥撒儿是一个来自札剌儿部的蒙古人，职位是也可札鲁忽赤。他负责管理中央政府的日常事务，并监督诸王分地的管理。仅次于他的是克烈部的孛鲁欢，一个聂思脱里派的基督徒。他负责书记和财产管理，安排会见，并且随时记录大汗的旨意。忙哥撒儿死于1253年，此后，孛鲁欢继承了死去的同僚的职位，但未改变他原先的职能。
在两届政府中，中枢机构在汉语中都被称为中书省，其下再划分出几个部，各自有自己的长官。这些部分别负责祭祀和萨满、管理斡脱商人、驿站（站赤），以及国库和武器库。在政府的上层官员中，掌权的几乎都是蒙古人。然而具体办事人员，大多数都是非蒙古人，因为每个上层官员都需要一大群能流利地使用帝国疆域内各种主要语言——比如汉语、吐蕃语、畏兀儿语、党项语、波斯语以及蒙古语——的书记，以协助他进行工作。办事机构是如此之大，保存的记录是如此广泛，以至哈剌和林的1/3归他们专用。他们在许多大营帐中生活和工作，并且经常陪同大汗出巡。
根据一种固定的制度，蒙哥用他自己的扈从以及拖雷系的部众充实了中央政府，其核心人物都是从他的父亲那里继承来的。忙哥撒儿和孛鲁欢的经历显示了这种选拔人才的模式。最初这两个人的祖先在成吉思汗的护卫里担任低级职务。成吉思汗死后，他们的家庭由拖雷继承，从此忙哥撒儿和孛鲁欢开始了在拖雷护卫中任职的生涯。拖雷死后，这两人都为唆鲁和帖尼别吉效力，并且在蒙哥即位前的年代里被提升到了蒙哥家族机构中显著的地位。这种选拔和效力的模式在低阶官员中同样适用。中书省里所有的汉人书记的经历都从担任拖雷或蒙哥的怯薛中的必阇赤开始。总之，蒙哥手下所有官员的能力和忠诚都在拖雷系完全控制政府之前而效命于拖雷系的年代里被考验并进一步证实了。在早期的蒙古帝国里，试图在这种选拔的过程中区分出护卫、家族和中书省有什么机构上的明确差别是困难的，这样做也许是没有意义的。从任何角度来讲，它们都是一个统一体，它们同时作为护卫机构、精锐军队、法庭和帝国政府而存在。
在中书省之下，蒙哥保留了由窝阔台最初设立的地区行政机构体系。这些机构被恰当地称为行省（汉语称作行中书省），实际上是中书省的分支机构。蒙哥选择的掌管这些行省的人——中原的马合木·牙老瓦赤，阿母河的马思忽惕伯，还有伊朗的蒙古斡亦剌部人阿儿浑阿哈——都是自贵由时代留下来的。这三人之所以能够在政权的更替中生存，是因为他们都是有经验的行政官员，而且，至少从理论上讲，他们是在帝国定居部分中成吉思汗整个族系的代理人。
蒙哥尊重在各地区共同掌权的原则，允许有关蒙古诸王各自任命代理人（在波斯的记载中称作“那可儿”）在行省任职。例如，在中原，马合木·牙老瓦赤的主要助手是忽必烈的一个汉人助手赵璧。值得一提的是，这位花剌子模人的另一个助手，是大汗自己家庭的长期追随者不只儿。同样的情况也在伊朗通行，拔都、旭烈兀、唆鲁和帖尼别吉以及蒙哥都在阿儿浑阿哈的幕府里安插了他们指派的那可儿。
在地区一级，本地的精英人物，例如，斡罗斯公国的贵族和吐蕃寺院的教派通常留在适当位置，在由大汗从家臣中指定的达鲁花赤（在西部地区通常被称为八思哈）警惕的监视下执行政府职能。
这样的管理体系本质上是在蒙哥以前诸汗时形成的。实际上，蒙哥并非是改革者，他仅仅是运用流传下来的制度。然而，他是一个成功地支配着政府机构的强有力并且从不倦怠的管理者。当然，他能够直接驱使和牢固控制他的中书省，因为他与他的机构生活、工作、饮食都在一起。而且在他的直接监督下，中书省从上面严密地监控着地方政府的工作，经常审计他们的账簿，审查各级官员。另外，蒙哥的那可儿被直接派往行省，从内部监视那些机构，而且，他的达鲁花赤从基层仔细地检查那些人的所做所为，向大汗报告任何反常行为。蒙哥对他的帝国的各项管理活动——从策划到实施——都了如指掌，并且专心致志，因而在绝大多数场合他有可能不顾宗王或地方势力的反对，推行他的政策。
皇帝的计划
不同于他的前任贵由，蒙哥登上汗位时已胸有成竹。他对帝国有着宏大的设想，既包括国内的改革，又包括对外扩张。在计划中，蒙古人民，无论是贵族还是百姓，都将注意力和精力完全投入其中，并为他的统治成功做出重大贡献。①大汗在1251年的忽邻勒台之后很快就首次宣布了他的改革措施，其目的是要保证中央政府自由利用帝国的财物并削减诸王和官员们无限制的征税。②作为第一步，蒙哥废除了自成吉思汗时代以来所发布的象征权力的牌符、印章和札儿里黑（诏旨）。这样做的目的是为了从他的对手那里夺取帝国的资源，使他们不能继续未经许可就占用物品和劳役。他还严格地限制了他们使用站赤即驿站系统。诸王、官员、宗教的显要人物和斡脱商人早已习惯利用站赤为他们的个人需要服务，这妨碍了帝国驿传的使用，还增加了被分配去维护驿站的平民家庭本已沉重的负担。此后，只有官方授权的个人才有权力使用这个系统。分地宗王的权力也受到严密的监视，如果没有首先与帝国宫廷协商，他们再也不许对他们私人领地中的百姓随意召集和征税。
最后也是最重要的，蒙哥在他整个帝国里对估税和征税制订了统一和固定的体系。作为保证最大征税量的措施，大汗发布旨令，在已归属蒙古人统治的领土内恢复经济；在各个战场，破坏和屠杀要控制在最小程度；遗弃农耕地和被破坏的城市对帝国国库毫无益处。
这些改革的效果是很难衡量的。的确，1258年对报达的掠夺表明破坏性的行为仍在继续。但即使旧习性非常顽固，蒙哥仍在认真地努力去阻止对定居地区进行不必要的破坏。事实上，严重违反旨意的蒙古官员受到严厉处罚。1258年的某个场合，大汗鞭打了他儿子阿速带的随从，原因是在汉地干涉农业活动。同时，他对从汉地农民的菜园里抢夺蔬菜的官员处以死刑。在另一事例中，一名被控谋杀了一个波斯平民的蒙古万户长在犯罪地点呼罗珊的城市徒思的城门前被处死。①复兴的计划也产生了一些实际效果。1219—1223年间遭到严重破坏的突厥大城市的经济生活恢复到了被征服前的水平；中原的一些区域，例如河北的邢州，也被重建。为了支持这次改革，蒙哥将斡脱商人置于控制之下，大幅度减少宫廷的支出，并且成功贯彻并实施了新的税收措施。分地内部的状态的资料是有限的，但是只要大汗感到帝国利益受到危害，他就会对这些领域进行干预（详细情况见“忽必烈与中国北部”一节）。
蒙哥不是出自道德的考虑，而是为获得并控制支持扩张计划所需的资源而减轻和调整他的臣民的负担。他打算同时对南宋、高丽和西亚展开大规模的进攻，这样，从掠夺成性的诸王到逃税的农民，任何妨碍和阻止物资流动的人都会引起蒙哥的愤怒和憎恨。在计划中，平民仍然被压榨，但这是在一个正规和有系统的基础上，并且限制在帝国代理人的管理下。
通过将内部的改革和新一轮扩张相结合，蒙哥完成了两个较为重要的目的：首先，他使分裂的蒙古的统治精英忙于准备和实施军事作战行动；其次，以为军事行动取得物资为名，他使权力集中于中央，因而得以巩固对汗位的掌握。在这些情况下，对不满的诸王来说，在帝国贯彻成吉思汗命令他的人民去征服世界的遗愿时，是很难对蒙哥的权力发起挑战的。多数蒙古人，不管他们在其他问题上有什么分歧，通常都同意蒙古帝国的主要使命就是征服。
无论这些政策中有多少是为自己利益服务的，都不能认为蒙哥只不过巧妙地利用成吉思汗的言语和声望来为自己的个人利益服务，他看上去是真诚地相信蒙古人有一个伟大的使命——统治全世界，并且对他来说，使他祖父的遗愿化为现实是义不容辞的。
动员
为了确保进一步的征服战争所需的物资，蒙哥要求进行新的并且精确的全国性人口调查。这次人口调查旨在认定并动员帝国的财富和人力以投入战争，因而将牲畜、果园、原料（例如铁和盐的储备）还有人都列入清单。无论是调查范围还是严密程度，蒙哥的统计清单都�