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六城地区土著的内部事务虽然掌握在当地的伯克和阿訇手中，但是东突厥斯坦人还是要直接向清政府纳税服役。上面提到的六城年产铜价值一千三百五十万蒲尔，其中价值一百六十万蒲尔的生铜系产自浑巴什，其余全是当地的税收，绝大部分是向喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗居民征收的。六城居民每年要纳粮六万六千余担，缴棉布十四万三千余匹，其中大部分也同原棉一样是来自塔里木盆地西端。
这些收入的主要来源就是用铜或粮食的形式收缴的人头税（相当于“每人每月一卢比加上土地收成的十分之一”）。①政府也允许用铅、棉花、布匹或琉璜、硝石（火药原料）代缴。此外，个人的商业交易、店铺、市场、菜园、果园、煤矿及其他建筑物等等，也都要交税。在另一方面，政府把黄金和玉石视为贡品，要求直接送往北京，新疆驻军不得征税。参加守望哨所的东突厥斯坦户和五百名喀什噶尔兵则免人头税。还有一种特别税用于维持木扎提山口通道（这门差事主要是由牛盖特人担当）的开支。关于地方官员的开销，由阿奇木伯克在六城对每户征收一种半官 方的四十取一税（qrqlq），如有不足，阿奇木伯克还可征收附加税。每遇清军驻军官员巡视六城哨所，阿奇木伯克还要加征税项以充迎送费用。伯克有时还向普通属民无偿征收衣食和其他用品；若有清朝旗人征用财产，伯克便加征特别税以补偿财产主的损失。除了这些捐税以外，还有一种中亚传统的驿马税（ulagh），那是向有马之家征收的。城市官员要定期向户部报告税务；尽管税额固定，贪污现象显然是很普遍的。
当地的伯克及其上司清朝官吏还以其他方式滥用职权。各级政府之间都是贿赂公行。阿奇木伯克并利用职权在市场按固定价格收购货物，到收获季节以高价卖出。伯克们还非法买卖官地以谋利。他们操纵着农民灌溉用水，而不公平合理地分配。他们开垦荒地而不上报。他们向小农放款，使他们债台高筑而沦为“烟齐”（家奴），伯克则占有其财产和劳力。货币作为纳税和市场支付的规定手段用得越来越多，这便加强了伯克上下其手的能力。农民实际上只得出卖自己的作物去“买”钱，然后用钱去买生活必需品和交纳政府的需索，特别是那些非正式的需索。
六城的对外贸易
货币的使用便利了对外贸易，对外贸易也促进了货币的使用。十九世纪前二十五年的材料表明，这里贸易是自由的：就卖给东突厥斯坦人的货物而言，并无走私货。①进口货主要是牲畜、水果、披巾羊毛、毛皮、鸦片、吸烟用印度大麻、欧洲制品（多数是俄国货）以及奴隶——男女孩童（他们的价格从二百到五百卢比不等）和成年奴隶。这些奴隶是由巴达赫尚、瓦罕和什克南的商人从乾竺特、吉尔吉特和奇特拉尔贩到叶尔羌来出卖 的。①合法的出口货主要是珍珠、宝石、生丝（此项货物也进口）、绸缎、羽纱、棉布、棉纱、瓷器、基连（kiriana，即香料和药材，尤其是大黄，后者是向中亚西部出口用作药材和染料的大宗货物）、大麻汁和茶叶等等，其中最重要的是茶叶，那是从华南用马队驮运到和阗转口的。茶叶分箱装散茶和茶砖（每驮载三十到四十块）两种；茶砖质量低下，只有穷苦人家使用。非法的输出品以金银锭（金锭、银币和银元宝）为主，其中许多是来自中国本土，特别是茶叶、金银、宝石、丝绸和香料药材（基连）等，主要是山西、陕西、江苏、浙江一带的商人运来的；商人们又从这里购买当地出产的丝绸、牲畜和其他货物运回中国。
关于中国本土与新疆之间的商业往来还有待研究，不过很清楚的是，清朝的歧视性税制偏向汉族商人。输入中国本土的货物只有玉石在嘉峪关纳税。中国本土与六城之间的贸易在乌什吐鲁番是合法的，东突厥斯坦人把丝绸、粗白布、毛革和其他商品卖给来自中国本土的商人，要照价纳税十分之一，而在喀什噶尔和叶尔羌出卖，只要纳此数之半。在乌什吐鲁番，安集延人和其他外商出卖货品仅纳税百分之五，汉商把除茶以外的货物卖给六城商人，所纳之税甚至更低，只交百分之三又三分之一。
从甘肃运到新疆供本地消费的茶砖是由特许商和政府经营的。根据1760年的法令，政府也允许非特许的山西私商经由蒙古向准噶尔贩运少量布匹和未分类的茶叶，主要供输出到中亚去。四川商人则在古城出卖大米和白面。江浙商人经常设法到叶尔羌经商，但是在政策上汉商是不准进入六城的。部分例外就是允许甘肃茶砖特 许商前往六城，然而随着时间的推移，未经特许的山西商出卖的茶叶和其他商品在六城市场上日见增多。就往来新疆的汉族茶商而言，非特许的山西未分类的茶叶贸易（当局是不大容易控制的）比特许的甘肃茶砖贸易获利更多。但是从政府的观点来看，得自甘肃特许商的收入要比山西商人交纳的税为多。①除了乌什吐鲁番之外，六城、准噶尔与中国本土贸易的主要集散地是焉耆，这是六城地区唯一允许蒲尔和伊犁铜币同时自由流通的城市。焉耆的人口大部分为厄鲁特人（加尔梅克人），它的周围地带又是六城唯一允许汉移民定居和拥有私人土地的地区。因此，根据清朝的隔离政策，和阗、叶尔羌、喀什噶尔的居民和外国商人都不许进入焉耆城内。其他地方的居民虽可进入该城，但是不准定居于此。②尽管六城的贸易兴旺，东突厥斯坦的商人却没有发财，这是因为有权势的官僚对私商横加干涉，敲榨勒索。这里官吏的贪婪和儒家的一向轻商这两者互为影响。这样的商人不论如何富有，都没有社会地位；一度起过相当作用的贸易公会，在清朝征服之后也失去影响，不再成为沟通官商的桥梁。甚至就教育程度而言，当地商人也比中亚西部的商人为差，因为在中亚西部，商人一般都在宗教学校受过教育，学识仅次于毛拉。
喀什噶尔商人到国外经商，是在1794年开始受到限制的。他们只能获得通行证，成群结队越过边境哨卡到最靠近的柯勒克孜人 当中进行交易，仅此而已。他们受到官方税收的歧视，进口税负担沉重，官吏又勒索敲榨。他们甚至必须用钱购买经商权利。
大多数外商都是来自浩罕、布哈拉、巴尔提斯坦、巴达赫尚、乾竺特、克什米尔或哈萨克草原，但也有伊朗人、希尔凡人、俄国鞑靼人（或诺盖人）、印度人、中亚犹太人（他们聚居于浩罕者人数很多）和亚美尼亚人。帕米尔的柯勒克孜人大概总是冒充当地属民前来的。清朝当局弄不清这形形色色的外国人，便统统把他们看作“安集延人”（安集延是浩罕控制下的费尔干纳 一个城市和地区）或“克什米尔人”，①所以政府甚至许可非进贡国的商人前来新疆做私人买卖。其实所谓“安集延人”就是在喀什噶尔经商者，所谓“克什米尔人”就是在叶尔羌经商者。但是，作为贡使似乎更有利可图，外国使节往往向驻新疆的将军和其他高级官员赠送马匹，得到的回赠总是比原来礼物的价值更高。②浩罕的属民和来自布哈拉及中亚西部其他地方的商人，都在喀什噶尔（它在十九世纪头二十五年比布哈拉更大）进行大宗的对外交易。③因为清帝国的官方态度是把贸易看作一种给予外国人的特许（认为是他们需要富饶的中国的物产），以换取安定和对清廷的忠顺姿态，所以外国商人就取得可以讨价还价的地位和一定程度的自治，这两者都是本地商人所没有的。浩罕的属民，即真正的安集延人，地位尤其出众（因为“他们的举止和习惯很象”喀什噶尔人），④是喀什噶尔的外商当中人数最多的集团，因此，在当地的外商界占支配地位。为了替这些商人说话和监督日常的市场活动，喀什噶尔的阿奇木伯克与外国商界共同指定一位高级外商作监理（满语hdai da，即商目）⑤：他也象中国沿海商埠的大班那样并不是清朝的官员。但监理又不同于大班，他（至少在起初）对一切外商进行监督，而不是一个监理单独监督与新疆通商的某一国属民；外国商界有此监理，便享有高度自治 权，摆脱了清朝统治的干涉。
这种外商监理通常是用浩罕人，后来这一职位逐渐变成浩罕政府试图控制喀什噶尔对外贸易的工具。喀什噶尔的对外贸易大部分取道浩罕，这一事实就进一步促使浩罕政府插手于喀什噶尔，而喀什噶尔的贸易又反过来促进了浩罕经济，对十八世纪之末浩罕国的迅速发展大有裨益。起初，清政府对此采取妥协态度。1809年清朝通知浩罕统治者阿里汗说，鉴于他们的行为恭顺，着令该国当年输入新疆的商品免缴关税。清朝又说，以后浩罕输入商品的关税将减半征收。
同印度、西藏、拉达克、巴尔提斯坦、阿富汗和帕米尔诸国的贸易则集中在叶尔羌（此地人口甚至比喀什噶尔更多）和色勒