但是到了1906年，赫德已71岁，而且身体不佳；他的退休是近在眉睫了。在清朝进行改革运动的十年中，要以一个同样强有力的外籍继承者代替赫德，是根本不可能的。19世纪也许较为温和的“自由贸易帝国主义”，已经让位于更凶狠的国际对抗。到了1898年，当时的整个关税收入，已经成了偿还因支付日本战争费用和马关条约所强加的巨额赔款而签订的外国贷款的保证，从而使海关实际上成了为外国债主要债的机构。1901年，当关税收入中未用于偿付债务的余额和条约港口50里内的关卡——这时由外国税务司控制——的税收，都用作庚子赔款的担保时，海关被视为外国利益集团的工具，于是民族主义的不满情绪进一步地发展了。缔约列强毫不犹豫地坚持，与监督进出口货物并加以征税以促进对华贸易一样，偿还这些外国债务，是海关存在的理由。经清帝诏书批准的1896和1898年借款合同中的条款暗示，在债券流通期间，海关的行政仍应保持当时的原状，同时在1898年换文的条款中，英国以条约形式迫使中国同意，只要英国贸易占优势，总税务司将由英国臣民担任。此外，海关还管理中国的邮政，以外国国民担任邮局的关键行政职务；管理灯塔业务；控制中国港口的领港工作（在许多港口，这项业务已经几乎全部由外国人掌握）；并且由于出版统计、商业和文化方面的资料，它对外国人来说是中国唯一的情报资料机构。50年以后，还没有一个中国人在海关内被任命担任负责的职务——甚至没有人担任任何条约港口的帮办。
海关转交给1901年取代总理衙门的外务部管辖的过程，没有发生重大事故。但是1906年6月设立独立的税务处（不是部一级机构，虽然它最初由户部尚书铁良和外务部侍郎唐绍仪领导）以监督海关业务的措施，被外国政府、海关工作人员和债券主（他们的债券与关税收入有关）视为对半个多世纪形成的海关业务的外国特性的一种威胁。1906年税务处的成立，是一个温和的尝试，在面临预料得到的外国反对的情况下，尽量设法稍微降低海关的特殊地位，并且确保赫德的接任者不致于取得海关最初半个世纪的情况给予总税务司的那种影响或独立性。事实上，安格联爵士在他担任18年总税务司时在北京所起的政治作用，从来没有接近可与赫德的作用相匹敌的程度。新总税务司及其外籍属员，远不像19世纪那样专心一意地关注中国的国际关系。1911年以后，中国人开始担任上层的内班中的低级职务。但是在1928年南京政府成立前，海关几乎没有出现重大的中国化的情况。
对所有在袁世凯任总统时期及以后几届北京政府时期分享政治权力的那些中国人来说，外国控制的海关的存在，是统一和中央集权的中国的很少几个稳定而具体的表现之一，而每个人都认为可以在他的领导下重建这个国家。海关以最大程度的正直性，向对外的和沿海的贸易征收关税。在1917年以前，要偿还借款和庚子赔款后，才能把余额交给北京政府自行使用，虽然从这个意义上说那时没有“关税结余”，但从此以后结余数额将会增加的前景，对任何在北京掌权的人都是潜在的利益。对巨额外债和赔款的有效的支付，有助于阻止缔约列强进一步行动，虽然这种支付没有大幅度地减少它们在华的影响。当对德国、奥地利和俄国的赔款义务被取消，关税收入出现结余而可以把它们用作北京政府内债的担保时，归还这些内债的工作由外国的总税务司负责，而投资者认为，总税务司在中国对抗的各派别中，在政治上是中立的，这个事实大大地加强了政府的信用。
海关的主要责任当然是阻止走私，检查船货，征收进出口货物和沿海贸易的关税。它的管辖范围扩大到中外船主的“西式船只”和外国人租包的帆船。①从1842年的南京条约直到1928至1930年恢复关税自主，海关负责的关税税率是与缔约列强商定的；而实际上，它是中国的贸易伙伴强加给中国的。固定的税率表的大部分，含糊地要对进出口货物按价征收将近5％的税；税率在1858—1860、1902、1919和1922年上调了几次，以求实现对进口货按价实际征收5％的规定目标。但是，1902年的关税税率只有3。2％，1919年只有3。6％。①设在每个条约港口的海关机构是一种中外事业，其管辖权由税务处任命的中国监督和总税务司任命的外国税务司分享。（只有总税务司由中国政府直接任命。）虽然在形式上有时要听从中国监督，但实际上税务司是第一把手。港口的内班（行使行政职能）只听税务司的命令。当与外国商人发生争执时，与外国领事打交道的是税务司，而不是监督。但是监督指派他自己的书办（1912年以后改称录事），通过这些人，他能够逐日地了解税收的情况。港口50里范围内的本地关卡由税务司管理，其税收送交作支付赔款之用，但是有关办公人员和日常业务的事务，税务司被责成与监督会办。50里范围以外的关卡只由监督管辖。
在1911年10月以前，总税务司及其税务司实际上并不在几个条约港口征税，也不把税收存银行和汇走。总税务司通过其税务司，只负责确切地确定关税和向中国政府报送征收数额的准确的会计报表。中外商人直接向批准的海关官银号缴税，这些银号完全是中国人办的，通常由监督选定，而关税收入的安全，监督则要向帝国政府负责；他们的帐目要与外国税务司报送的报表核对。在1911年10月武昌起义、中央政权在中国的大部分地方崩溃（其中有许多清朝指派的监督，因担心自己个人的安全而离职的情况）以后，这个制度发生了激烈的变化。由于担心各省的革命领袖将扣押保证用来支付外债和庚子赔款的税收，在向北京宣布独立的几个省的港口的税务司，为了缔约列强的利益，直接控制了税收并把它存入银行。这些安排被1912年2月正式掌权的共和政府不得已地接受了，并在一份北京外交使团强加给中国政府的协定中表达了出来。这份协定的条款，规定组成一个上海各国银行总董联合委员会，以监督支付以关税作保证的外债以及庚子赔款；并委托总税务司征收各港口的关税，把它汇到上海和存入外国的看管银行，“以作归还该项洋债及赔款之用”，并根据委员会决定的先后顺序，负责归还到期的借款。
这里应该指出1912年协定中的两点内容，在南京政府成立前这两点一直有效。直到1921年，缔约列强有权决定在偿还外债之后，是否有“净存税项”，并有经其批准后才能将任何资金交给北京政府的权利。它们对可以产生的净存税项的估计是谨慎的，使历届北京政府都不满意，但无可奈何。此外，原先由中国的银行掌握的中国政府的巨额资金，此时存入上海的三家外国银行——汇丰、德华（1917年中国对德宣战前）和道胜（1926年它清理前）。在及时付给利息的同时，这些银行总是存有巨额存款余款，使它们能够经营其他商业，而且在偿还外债时，它们从处理必要的货币兑换的业务中，赚取巨额利润。
海关收入的第一个用项，是海关的薪水和业务支出。这项费用由中国政府和总税务司直接商定，1893年定为每年3168000海关两，此数保持不变，直到1920年才增加到5700000海关两。此外，各监督办公室的维修每年花费将近40万两。据报告，1898年的收入总数为22503000海关两，1920年为49820000海关两。因此，这两年的征税费用——不包括银行总董的佣金以及在征收和汇纯收入时可能产生的兑换上的亏损——分别占总收入的15。9％和12。2％。1898年，895名外国员工和4223名中国员工（包括在邮政部门的24名外国人和357名中国人）的办公费，平均每人为619海关两。到1920年海关员工有1228名外国人和6246名中国人（邮政人员已在1911年从海关分出），这反映了在这中间的20来年，许多新港口已被开辟为商埠。1920年办公费平均每人763海关两，收入增加，缓和了业务扩大而引起的财政紧张。
海关的中外员工被分配到海关三个部门——税务部、海务部（成立于1865年）和工务部（成立于1912年）——之一去工作。海务部负责测探沿海和内陆的水道，操纵灯塔和灯船，修理浮标和指向标，维修港口和维持那里的治安。到1911年，它建成132座灯塔、56艘灯船、138个浮标（其中许多有哨声和煤气照明）和257个指向标（主要在长江和西江）。工务部负责和修理海关的房屋和财产。但是，海关的中心当然是税务部。
税务部的人员分属三科：内班、外班和港务科，每个科又分成“洋员”和“华员”两部分。每个港口的内班是海关的行政部门，负责行政和会计。它由一名税务司领导，税务司又由一名副税务司和四个级别的助手协助工作，他们全由总税务司指派、提升、分配和调离，总税务司仅向税务处通报各项任命。前面谈过的尊敬的罗炳生曾经设想成立一个“中国真正土生土长的……教会”，赫德与他一样，也不止一次地重复他在1864年备忘录中所表达的意图，大意是外国的税务司署“在它产生了一个取代它的、并同样诚实和有效率的本地行政机构时，将结束它的工作”。①但是，事实上在他担任总税务司的时期，没有一个中国人当上即使是内班的最低级的帮办。他曾经一度想过，掌握一定程度英语说写能力的同文供事，可能最后被补充为那一级的帮办。这些供事主要是教会学校的华业生，他们的中文教育可能是不够的；总之，这是作为理由反复提出的阻碍他们取得更高官职的一个缺陷。赫德还能引用北京高级官员反对提升这些供事的事实，由于他们的教会学校背景以及他们基本上是南方人，反对是不足为奇的。人数最多的是广东人，其次是�