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1946年9月23日，东北局指示各地工作团，在土改工作的基础上，彻底摧毁敌伪残余和地主阶级统治，建立和巩固基层人民政权，组织可靠的人民武装，形成人民战争。为此，采取了两方面的措施。一是各省军区组建二线兵团，以保证向主力部队提供经过训练和有作战经验的兵员，提高部队的战斗力。同时从各省的地方部队抽调部分力量，成建制地补充道所在地区的主力部队；二是组织翻身农民自卫军（即民兵），平时担负生产、治安等任务，战时担负战勤之前，配合部队作战。
翻身农民热烈响应共产党和人民政府的号召，掀起参军支前热潮，干部带头、父母送子、妻子送郎的动人场面随处可见，部队得到大发展。据不完全统计，合江地区在1947年5月至1948年4月期间，组建了十多个独立团，相继补充道主力部队；松江地区组建了三个独立师，8。7万余人，送往主力部队；辽东地区在1945年10月至1948年12月，参军人数达33万。同时，东北人民政府和东北军区发起拥军爱民、拥政爱民和拥军优属活动，加强了军政、军民关系。
东北战场相当平静仅仅维持了两个多月，蒋介石就按其“南攻北守，先南后北”的战略方针，向南满地区发起进攻。
从1946年9月上旬起，林彪、高岗等联名，或以东北局名义，发出“采取运动战消灭敌人有生力量为根本方针”，“准备粉碎敌人进攻的指示”及《关于地方部队开展敌后游击战争的指示》，并在《东北日报》上发表了社论《东北军民动员起来，粉碎蒋介石的进攻》。
当时，在强大敌人的进攻下，南满的民主联军被迫撤退到中朝边界的吉林省临江、长白、蒙江、抚松四个偏远小县的狭小地区，处境非常困难。1946年10月31日，经中央批准，成立南满分局（亦称辽东分局），派陈云去主持工作，【注35 陈云任辽南分局书记兼辽南军区政委，萧劲光为副书记、军区司令员，肖华为副书记、军区副司令员兼副政委。】坚持辽东根据地斗争。
从1946年冬季至1947年春，民主联军总部成功地指挥了“三下江南”、“四保临江”【注36 1946年12月27日到1947年3月3日，民主联军在临江进行了四次保卫战，击退国民党军队的进攻，统称为“四保临江”。“三下江南”是为了配合临江保卫战，北满的部队三次南渡松花江，打击进攻临江之敌的后方，迫敌撤出临江。】战役，粉碎了敌人“南攻北守，先南后北”的计划，迫其转入守势。民主联军则完成了由战略防御向战略进攻转变，经过短时的休整，开始了战略反攻。
从1947年5月中旬至1948年3月中旬，民主联军连续发动了夏、秋、冬三次攻势，迫使国民党退守沈阳、长春等几座孤城，大决战的时机到来了。
1948年2月，东北局召开政治工作会议，高岗要求各军区和部队加强政治思想工作，使大家都认识到全国革命形势已到了一个转折点。军区和野战部队要抓紧时机进行政治教育和军事训练，提高阶级觉悟和战斗能力，为解放全东北做出贡献。
4、后勤保障
在军队大发展和大反攻即将开始的时候，后勤工作更加重要而艰巨。为此，东北军区召开后勤工作会议，要求把后勤工作提高到战略高度，以适应大规模战争的需要。高岗指出：大规模的战争能否胜利，后勤供应非常的重要。历来兵马未动，粮草先行。后勤部门要抓紧组织军工生产及其他各项工作，保证前方部队的需要。为此曾提出“一切为了前线，一切为了主力”的口号。
高岗历来很重视军工生产，早在1946年，民主联军总部就根据“七·七决议”精神决定成立军械局，在佳木斯、牡丹江、大连等地建立了七个军工生产基地；高岗亲自勘察厂址，筹建工厂。1947年10月，民主联军总部召开军工会议，作出《关于军工生产的决定》，建立了一批军工厂和修械厂、所，形成制造、修理配套的军工生产系统，生产了大量武器弹药、被服等军需物资，不仅基本保证了东北的需要，还支援了华北和华东战场，受到朱德总司令的赞扬。同时，成立军需、气象等学校及医科大学，培养各类技术人才。
1948年3月，东北局作出解放全东北，支援全国解放战争，将党的工作重心由农村转到城市的决策。7月，成立东北野战军铁道纵队，为保障军需运输作出贡献。在各次战役中，后勤部门组织大批物资和民工、担架等支援前线，保障各次战役的胜利。
1948年9月，辽沈决战之前，成立了东北地区及各省的支前委员会，高岗亲任东北支前委员会主任兼民运部长，要求各级党和政府把支前工作压倒一切的中心任务，他说：“要粮给粮，要钱给钱，要人给人，要物给物，一句话，要什么给什么。只要我们能办到，竭尽全力支援前线，要真正做到兵马未动，粮草先行。”
为了适应大规模战争的需要，将后勤工作分为前方后勤与后方后勤。前方后勤属于军队编制、下设五、六个分部，负责部队的军械、供应和医疗救护等；后方后勤则负责军工、军需生产、物资调集、及物资运输等。这种后勤体制，后来在抗美援朝战争中，也发挥了重要作用。
据不完全统计，辽沈战役中，东北军区共运送粮草八千万斤，油料八千桶（每桶141公斤），动员民工160万人，其中7。6万随军参战，担架13800副，马车6750辆，修路4370公里，架桥385座，等等。在以后的百万大军进关与平津战役期间，动员了更多的人力、物力和畜力，为战争的胜利提供了可靠的后勤保障。
在三年东北解放战争中，东北全区参军总数160万人，支前民工313万人次，担架206178副，大车306710辆，马907020匹，粮食450万吨。谁能说得出，为战勤保障工作，高岗付出了多少心血！
1948年11月2日，随着辽沈战役胜利结束，东北全境获得解放，接着是百万大军进关与平津战役。高岗作为东北战勤工作的总负责人，随军到平津战役前线总指挥部，为解放平津再立新功。
总之，关于北满时期的工作，高岗虽然不是东北局的主要负责人，但他像在陕北创业时一样勤奋努力地工作。那时环境很艰苦，在哈尔滨，他就睡在沙发上，夜间不停的来电话，很少睡觉。有时半夜出发去前方找林彪商讨后勤保障工作；热河闹鼠疫，他带着警卫员去了解疫情；山东来的部队没有冬衣，一夜冻坏好多人，他亲自到处找仓库解决冬装；为了解决前方给养，他奔走前方后方。在整军治军方面，他发扬陕甘宁时期的经验，加强政治思想工作和纪律教育。东北局改组以后，他一度主持东北局和军区司令部的工作，上下团结一致，很快扭转了东北的局面。因此，林彪很佩服他。大军进关时，高岗去送别，林彪感慨地说：“老高，没有你，我打不了胜仗！”
就是在这期间，他们与彭真等人因为对工作方针的意见分歧而结怨。但从他们打算请刘少奇主持东北局工作这一点来看，当时对刘少奇是信任和尊重的。
1947年8、9月间，东北局派赵德尊去平山向中央工委汇报情况，他先找了安子文谈了彭真等人的错误、中央改组东北局的决定和东北局7月会议决议等情况。安子文说：彭真已调中央，现在他的地位这么高，在东北并未给什么处分，这事一定要慎重，千万别再说了。后来赵德尊和康生谈，康生说：这么重要的问题，当然要说。于是，赵德尊向刘少奇汇报，刘只说要注意团结，不要落井下石，过去东北党就是因为和朝鲜党不团结，结果垮了……
赵德尊回来向东北局汇报后，他们认为刘少奇偏袒彭真，从此对少奇产生隔阂。
高岗后来反省时说：
“1946年改组东北局以后……自己一点宗派的眼光看问题是错误的，不是与人为善。那时，他（彭真）也坚持错误。我们不是帮助的态度，而是对立的态度。那是很狭隘的。当时争论很多，那时，我对，他错。但这是陈云、林彪、罗荣桓等一致的意见，不是我一个人的。当时东北的经济发展，整个改组，是林彪、罗荣桓、陈云为主，还有中央的好多干部、军队，自己只是其中的一个，做了一些工作。”
（六）历史的总结
回顾东北三年解放战争的历史，尽管在出关初期的半年多，对一些问题发生意见分歧，甚至造成一些失误，但那不过是前进中不可避免的曲折。总的看来，东北各项工作的成就是伟大的，对全国解放战争所作的巨大贡献不可磨灭。
1948年大军进关前夕，东北局于11月23日在沈阳召开扩大会议，讨论通过了《关于全东北解放后的形势与任务的决议》，【注37 该决议于1949年5月6日经中共中央批准。】对东北三年解放战争的经验教训进行了总结，其中有这样一段话：
当我们开始进入东北，国民党反动派在美帝帮助下，曾经利用和平烟幕进兵东北。接着又依靠其当时军事上的优势，配合东北反动势力，向我作大举进攻，企图消灭我们于立足未稳之时，当时情况，极为困难。尤其是当时东北党内少数领导干部所存在的错误思想，更增加了当时的困难。这些同志对于敌人的和平阴谋抱着很大的幻想，对敌我力量的对比，以肓目的乐观代替了冷静的科学分析，对旧政权旧军队敌伪残余分子和阶级本质，缺乏阶级的分析，过份强调少数一时不能取得的中心城市的作用而忽视了广大的乡村，因而使他们违背了毛主席1945年12月的指示，在坚决依靠东北人民坚决消灭敌人，建立革命根据地的各种政策上发生了许多原则性的错误。这是在阶级斗争的紧要关头，少数同志丧失阶级立场的一种非常危险的倾向。这种倾向，一开始就遭受到另一部分领导干部的坚决反对，但仍给予东北人民解放事业以很大的损失。直至1946年东北局“