视美国主权和公民的人身安全，常以“抓逃兵”为借口，任意从美国船上抓捕貌似英国人的美国水兵，强迫他们到英舰服役。本来，许多美国人祖上都是英国移民，自然与英国人相似。1807 年6 月，美舰“切萨皮克”号在驶往地中海途中，遭到英舰“豹”号袭击和强行搜查，造成美方人员伤亡。
“切萨皮克”号事件在美国国内引起强烈反响，要求雪耻的呼声此起彼伏。从1803 年至1807 年，美国共有500 多艘船只被英国捕获，380 多艘船被法国捉拿，美国人的生命财产毫无保障。在人民的愤怒声中，美国国会拨款85 万美元建造188 艘炮舰，以防不测。
形势一触即发，杰斐逊忧心忡忡。他有个老习惯，思考重大问题时总是骑着马漫步在家乡的庄园里。现在虽不能返乡，但首都城区很小，跨马扬鞭即刻就到了乡间。在没有发明相片的年代，杰斐逊微服出宫毫无顾虑。
杰斐逊分析形势，权衡利弊，美国国力不强，一旦卷入欧洲战争，势必陷入泥潭而不能自拔，甚至会前功尽弃，断送掉革命成果。回想起在华盛顿时代确立的孤立主义外交原则，即决不能卷入欧洲国家的争端，现在看来依然适用，不失为外交良策。
冬天的寒风吹得杰斐逊打了一个冷战。随行仆人问他是否返回，他摆摆手，继续自己的思路。他想到是年的伯尔案审判结果在政界引起强烈不满，此时国内急需稳定，不宜采取大的军事行动。
伯尔何许人也？此人1800 年当选为副总统，因未当上总统而心中愤愤不平，1804 年又未获总统候选人提名，更是怀恨在心。他先策划北部的新英格兰地区搞分裂活动未遂，又在1805 年3 月离任前与英国公使密谋路易斯安那独立，由英国提供资金和军队。后来，正当他在肯塔基建立总部、招募人员时，路易斯安那总督向杰斐逊告发了伯尔的阴谋。杰斐逊下达通缉令，1807年2 月，伯尔被捉拿归案。他被以叛国罪受审，但长达6 个月的审判结果出人意料，宣布“罪证不足”，“故认定其无罪”，“伯尔仅意图谋反，并非叛国”。伯尔被释后流亡国外。政界哗然。考虑到这一形势，杰斐逊决定采用经济手段解决危机，以避免与欧洲的正面冲突。主意拿定，他便信心百倍地快马回府。
杰斐逊首先下令英国舰只一律撤离美国领海，同时要求英国赔礼道歉并赔偿损失。接着上书国会，建议封港。他认为，此举既能对付英国，也能制裁法国，可望一箭双雕。1807 年12 月，国会根据杰斐逊总统的意见，颁布《禁运法》，第2 年初又通过法令，进行了若干补充。该法规定：一切美国船只和在美的外国船只不得起航；美国所有陆路和海路对外口岸一律停止使用；某些特别规定的英国货物禁止入口。
法令生效后的14 个月中，所有美国的和来美的外国船只被封锁在美国港口之内，至多仅被允许从事沿海贸易。
1809 年1 月，美国国会又通过《强制法》，进一步实行禁运，授权不带搜查令的美国官员也可以对怀疑运往国外的货物予以没收。该法和《封港法》实施之后，均未收到预期效果。英国虽然因此有部分工厂停工待料，外贸额也有所下降，但其通过属地加拿大又找到了向美国推销商品的新途经。而法国的拿破仑则采取没收所有驶抵法国的美国船只的对策，美其名曰“帮助杰斐逊禁运”。
君不知，在那个尚且使用帆船的年代，没有一年半载的海上航行，是不可能从美国到达欧洲的。当杰斐逊实行禁运时，许多美国船只正在途中，所以损失惨重。此外，封港在某种意义上等于自我封锁。美国出产的棉花、烟草、麻等农作物主要出口欧洲，封锁断送了它们的销路，无异于扼杀本国经济。一时间，反对杰斐逊的一派活跃起来，漫天散布杰斐逊和拿破仑勾结，对美国海运业来说这是比英国海上强权更可怕的敌人。
对此，杰斐逊倒镇定自若，他深晰这是建国以来第1 次主动实行禁运政策，损失在所难免。但是，它向世界显示了美国海上的自主权，以及美国人民不畏强权的坚强意志。从经济上讲，杰斐逊也不认为这是一个错误。他一分为二地看到事物的另一方面：“我们的禁运将产生一个值得庆幸的持久效果。它会使我们大家从事国内的各种制造业，以后我们对英国的物质依赖可以足足缩减一半。”
他的良苦用心只有财政部长加勒廷最能理解。加勒廷分析道：“禁运使进出口额都大幅度下降，至少毁掉了价值5000 万美元的商品。
然而，这项政策对家庭手工业和制造业有长足的促进，以前从英国进口的货物开始在美国生产，纺织、制帽、造纸、活字印刷、火药、冶铁等工业开始起步。”
他们的看法不无道理。禁运是美国在极其困难的情况下作出的一次大胆有益的尝试，表现出美国争取经济完全独立的决心。
1809 年3 月1 日，杰斐逊在卸任前夕签署了一项撤销禁运的法令，宣布除英、法两国外，对其他国家自3 月15 日起解除封港法令，恢复通商。国事暂且按下不表。
话说是年3 月，杰斐逊卸任告老还乡。效法华盛顿，他谢绝了第3 次提名。蒙蒂塞洛庄园的山山水水曾使他魂萦梦牵。如今返乡后的第一件事，便是到妻子的坟前扫墓。3 月的天气透着几分凉意，是鲜花难寻的季节。庄园里细心的仆人深知总统思念之情，早在主人到达之前就在温室里准备好了美丽的鲜花。杰斐逊轻轻将一束鲜花放在墓前，默默而语：“亲爱的马撒，我回来了，我回家来陪你，这次再也不会走了。”
是的，他走的太久了，为了事业他忍痛牺牲了家庭欢乐，这是他一生再也无法挽回的罪过。杰斐逊的双眼潮湿了，1782 年的情景浮现眼前。当时，马撒为他生了最后一个胖胖的女儿，十分可爱。但是，由于多次生育，马撒在几个月里也无法恢复元气。弗吉尼亚议会不批准杰斐逊的请假，三番五次催促他前去开会。杰斐逊心急如焚，眼看妻子病情急转直下，他又写了一封告假信，便日夜守护着马撒。9 月6 日，几天滴水未进的马撒突然醒来，要求丈夫搂抱着她。在杰斐逊怀里她似乎得到极大的欣慰，平静地呼吸着，想尽量减轻对丈夫的压力。她眼神激动，声音十分微弱，请求丈夫答应她一件事。杰斐逊含着泪水连连点头，“什么都可以，亲爱的，你说吧。”“请你答应我，永远不再娶妻。亲爱的，我真害怕3 个小女儿由后娘哺养，你明白吗？”她说不下去了，两人默默垂泪。杰斐逊发誓之后，马撒满意地闭上了眼睛。他亲吻着妻子的面颊，忽然她头一歪，瘫软下来。杰斐逊叫着喊着，几乎跌倒在地。
当他被人抬到书房时，已完全不省人事。杰斐逊昏迷了一个多小时才苏醒过来。这位刚毅的男子，经历过多少风风雨雨，可是此时，他泣不成声，悲痛欲绝。丧礼后，他整整3 个星期独自关在书房里，不言不语。昔日热闹的庄园，顿时一片寂静。人们担心杰斐逊会一蹶不振。
杰斐逊夫妇结婚10 年中，他忙于国事，很少在家，更缺乏对妻子关怀照顾，以致使她刚刚34 岁就早离人世。为弥补对妻子的歉疚，年仅39 岁的杰斐逊终生没有再婚。
在一定程度上，长女玛莎后来代替母亲陪同父亲参加社交活动，甚至在杰斐逊出任驻法国公使时，也跟随前往。杰斐逊任总统的8 年中，玛莎成了正式的白宫女主人。她使父亲得到极大安慰和快乐。
说到杰斐逊的子女，还有一段在美国家喻户晓的动人故事。杰斐逊在法国任职时，二女儿玛丽曾寄住在驻英公使约翰·亚当斯家里。亚当斯和杰斐逊在革命年代同甘共苦，结下深厚友谊。在《独立宣言》的签字人中，只有他们两人后来成为总统。亚当斯夫人喜欢玛丽，又怜其4 岁就失去母爱，故将其认为“干女儿”，玛丽9 岁时，被她带到伦敦同住。之后，亚当斯当选为第2 任总统，杰斐逊任副总统。两家都搬到首都，为再次共事感到高兴，孩子们更是欢欣鼓舞，两家时常聚会。
谁料想，在亚当斯执政的4 年中，两人由于政见分歧发展到严重对立，以至友情决裂。1800 年大选时，杰斐逊又击败了亚当斯，当选总统。气急败坏的亚当斯趁卸任之前大权仍旧在握之机，于1801 年2 月任命一批同党为联邦法院和地方法院的法官，目的在于阻止新政府控制法院。由于任命是赶在亚当斯执政的最后时刻进行的，故被称为“午夜法官”。
杰斐逊一眼看穿了亚当斯的诡计。他3 月4 日上任之后，立即命国务卿麦迪逊扣压这批法官的委任状，并拟定了新的名单。“午夜法官”中有人不服，上告最高法院，由此引出了一场长达3 年的司法案子。杰斐逊虽然身为总统，但在与最高法院斗争的几个回合中频频失利，使他更加憎恨当初任命马歇尔为最高法院首席法官的亚当斯。
昔日朋友遂成仇敌。直到1804 年杰斐逊的女儿、亚当斯家的“干女儿”
玛丽不幸去世，两家人才在墓地重逢，为了年仅25 岁的女儿，两位老人无语相对，握手言和。
杰斐逊退休后，时常与亚当斯通信，共叙往日友情，共商当今国事。1824年，亚当斯的儿子约翰·昆西·亚当斯当选为美国第6 任总统，81 岁高龄的杰斐逊特意去信祝贺。这两位亚当斯是美国唯一一对父子总统。
真是无巧不成书。两位重修旧好的朋友没能同月同日生，却巧合有同年同月同日去的终结。就在杰斐逊临终前询问关于7 月4 日的时候，远在马萨诸塞州的亚当斯老人也在说起这个日子，而且从昏迷中说了最后一句话：“托马斯·杰斐逊还活着。”他从独立50 周年想到了这位可敬的老友。然而，在通讯落后的年代，他哪里会料想，老朋友已早他数小时与世长辞。
1826 年7 月4 日，83 岁的杰斐逊临终前突然从昏迷中醒来，用模糊的语音说了最后一句话：“7 月4 日到