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但嘉定城的劫难仍然没有结束。李成栋大屠杀后的三四天，侥幸逃脱的嘉定的幸存者开始溜回城里。中国人普遍有种强烈的乡土情结。黄河边的原住民宁可坐以待毙，也不愿意乔迁他乡；即使政府强令迁徙，没多久，他们也会回来，不管当地多穷多苦。嘉定的绅民也是如此，他们回城后看到如此惨状，立即在一个叫做朱瑛的义士领导下，重新集结起来，共两千多人。朱瑛领导着幸存者们在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。
同时，在嘉定城外，一支被打散的乡兵队伍聚集在葛隆和外冈，他们一旦发现那些剃了发的人，就将这些人当场处死。李成栋的一支小分队也被这群乡兵歼灭。李成栋狂怒下派了一支大军进入葛隆和外冈，屠杀了所有的居民。这两个城镇也被夷为平地。
李成栋任命的新县令浦嶂为虎作帐，又领着李成栋军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。浦嶂不仅把昔日几个朋友娄复文等人整家杀尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。据说，在“二屠”之后，嘉定的富人和穷人间已无区别。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快就溃不成军，吴将军自己也提枪赴阵而死。李成栋军第三次攻城，不仅把吴将军数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为“嘉定三屠”。
“三屠”留给这座城市是彻底的毁灭，以及不知道德为何物的寥寥幸存者。
无论如何，长江下游地区的抗清运动减慢了清军进军的势头，从而给南方其他地区明朝抵抗力量的组织和准备赢得了时间。但是，很难说这会是明朝的转机。
【四 隆武政权的建立】
1645年六月十一日，即杭州落入清军之手前三天，唐王朱聿键见潞王朱常淓已经决定投降，不胜愤慨，在一批文官武将的支持下，离开杭州前往福州筹办监国。
朱常淓降清以后，局面非常混乱，只有皇帝的号召力才能振奋精神，重新组织起力量。但封建时代帝位的继承，血统的亲疏是个重要条件。唐王朱聿键是朱元璋第二十二儿子安王朱楹的八代孙，在谱系上同崇祯皇帝相距很远，按常规是轮不到他的。但此时朱由检的叔父、兄弟只剩下在广西的桂王（即后来的永历皇帝），当时的南明政治中心在东南，东南士绅急于解决继统问题，不得不就近从疏藩中推选。
朱聿键本人虽然贵为王孙，从小却饱经忧患。他是太祖朱元璋九世孙。朱聿键的爷爷唐端王嫌世子（朱聿键之父，后来被追封为裕王）嘴舌上长个大瘤子，又爱小妾生的儿子，就常年将裕王囚禁在内官宅。朱聿键生下来后，八岁才由曾祖母请师父教他读书写字，“仅辩句读”。他十二岁的时候，曾祖母病死，朱聿键失去了最后的保护，被跟父亲关在了一起。唐端王还暗中命人不给朱聿键父子送饭，想活活饿死他们，幸亏暗中有人帮忙送饭，父子在囚房中过了十六年。崇祯二年（1629）二月，裕王被急切想袭唐王王位的弟弟鸩死。同一年，唐端王病死。朱聿键总算苦尽甘来，以长子长孙的身份袭封南阳。
『注：鸩实际上是一种毒酒。传说中的鸩是一种毒鸟，黑身赤目，雄的叫运日，雌的叫阴谐，喜食蛇，尤其是蝮蛇，以其羽画酒中，饮之立死。』
崇祯九年，唐王朱聿键杀了害死他父亲的叔叔。但他的苦难在这一年又开始了，崇祯因清军叩关，诏令各地勤王。唐王朱聿键接到诏令后，立即北上赶去勤王，刚到裕州，便接到崇祯圣旨，说他擅离封土，居心叵测，勒令退还。朱聿键摸不着头脑，只好遵旨南归。后来部议加罪，竟然将朱聿键废为庶人，幽锢在凤阳高墙内。一直到1644年，崇祯皇帝自杀，朱聿键才被南明弘光皇帝朱由崧下旨放出，但已经又被关押八年多。这位金枝玉叶真是倒霉，活到四十三岁的年纪，在囚牢里倒有二十四年之久。
由此可以知道朱聿键和其他藩王的经历有很大的不同，在出生后的四十三年里除了从崇祯二年到崇祯九年的七年奉藩生活外，其余岁月都是在逆境中度过的。多灾多难的经历使他受到了其他藩王所没有的磨炼，增加了许多阅历，在国家处于危难时期正是充当最高统治者的有利条件，所以他得到了黄道周等人的大力推举。
于是，朱聿键在衢州宣布了即监国位的决定，然后这一行人继续南行，翻越仙霞岭，前往福州。
1645年六月初六日，朱聿键由南安伯郑芝龙等迎接入福州。次日，正式就任监国。二十天以后，又在臣僚的拥戴下于闰六月二十七日即皇帝位，以福州为临时首都，政府名为天兴府，以原福建布政使司作为行宫。这就是南明史上第二个政权，一般称为“隆武政权”。
举行登基大典仪式当天，“大风雾起，拔木扬沙”，尚玺官的坐骑受惊，玉玺摔落，碰坏一角。虽然兆征不祥，君臣还是很有平复天下的决心，锐意恢复。由于身世坎坷，隆武帝和弘光帝迥然不同，他善于抚慰群臣，乐于纳谏，甚至同意招纳“大顺军”（李自成军）余部，以共同抵抗清军。同时，针对南明军杀害剃发的平民一事，他也予以阻止：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民。”这一谕旨使得一般百姓欢呼鼓舞，纷纷来投。
朱聿键以明朝宗室远亲即位称帝，实是时势使然。但他一年以前还是高墙中的罪宗，既缺乏自己的班底，又没有足够的名分，尽管他颇想有一番作为，重建明朝江山，可先天的弱点使他不能不依赖福建的实权人物郑芝龙、郑鸿逵兄弟。即位后，朱聿键就以拥戴功加封郑芝龙为平虏侯，郑鸿逵为定虏侯。为了收揽人心，朱聿键任命黄道周等二十余人为大学士，入阁人数之多，在明代历史上从未有过。
隆武朝廷建立后，颁诏各地，得到了两广、赣南、湖南、四川、贵州、云南残明政权的承认。
【五 鲁王监国】
1645年（清顺治二年）六月，潞王降清，浙江省会杭州被清军占领，不少州县也递上降表，归顺清朝。但随着满清颁布了剃发之令后，“人护其发，道路汹汹”。在这种情形下，亡国之痛以强迫剃头为引线迅速点燃了一场反清的熊熊烈火，浙东各地纷纷起兵抗清。
宁波府起兵反清后，原太仆寺卿谢三宾为了保住身家性命，派人携带亲笔书信前往定海请王之仁出兵镇压。同时，占领宁波的钱肃乐（原刑部员外郎）也派倪懋熹为使者前往定海策反王之仁。两位负有完全相反使命的使者几乎同时到达定海。
当时，驻于定海的浙江防倭总兵王之仁已经投降满清，贝勒博洛命他继续担任原职。倪懋熹到达定海后，听说头天有位姓陈的秀才上书王之仁，斥责其降清，已经被王之仁处斩，仍毅然入见。一见面，王之仁说：“君此来，大有胆。”倪懋熹大讲了一通人心思汉的道理，王之仁连忙制止他说下去，让儿子陪他去东阁吃饭。
然后，王之仁又接见谢三宾的使者，答应几天后就发兵到宁波。几日后，王之仁统兵来到鄞县，召集诸乡老聚会于演武场。谢三宾欣欣然赴会，以为钱肃乐等必定溅血于眼前。不料，坐定之后，王之仁从靴子里取出谢三宾的密信，当众朗读。谢三宾大惊，不顾一切冲上去想夺回原信。王之仁喝令部下士卒把谢三宾拿下，对钱肃乐说：“是不是应该杀了他祭旗？”谢三宾“哀号跪阶下，请输万金以充饷。乃释之”。王之仁兵员较多，参与反正后，宁波的反清局势迅速稳定。
浙东各地反清运动兴起后，明原任管理戎政兵部尚书张国维和在籍官僚陈函辉、宋之普、柯夏卿商议，认为急需迎立一位明朝宗室出任监国，此时，他们全然不知道唐王朱聿键已经在福州建立了隆武政权。当时在浙江的明朝亲、郡王只有在台州的鲁王朱以海没有投降清朝，自然成了浙江复明势力拥立的惟一人选。六月十八日，张国维等奉笺迎朱以海出任监国。朱以海到达绍兴后，于七月十八日就任监国。
明第一代鲁王朱檀是朱元璋的第十个儿子，封于山东兖州，因吃丹药毒瞎了眼睛，朱元璋很不高兴，他死后，朱元璋给他的谥号为“荒”。朱檀的九世孙朱以派嗣封鲁王，1642年（崇祯十五年），清兵南下山东，攻破兖州，朱以派被杀。其弟朱以海死里逃生后，于1644年（崇祯十七年）二月袭封鲁王；同年三月，大顺军攻克北京，进兵山东，朱以海南逃，寓居浙江台州。
1644年国变前，朱以海就已经亲身经历了国破家亡，颠沛流离的患难生活，所以他对清廷的仇恨远胜其他藩王。但是，此人过惯了腐朽荒淫的贵族生活，既缺乏治国之才，又不肯放弃小朝廷的荣华富贵，一任监国后就大搞腐败，一幅太平天子要及时行乐的样子。李寄有《西施山戏占》诗描绘了朱以海监国时的状况：“鲁国君臣燕雀娱，共言尝胆事全无。越王自爱看歌舞，不信西施肯献吴。”据说鲁王朱以海与守江诸将置酒唱戏，吹拉弹唱的声音声连百余里。
鲁监国政权的腐败还表现在任用皇亲国戚上面。鲁王元妃张氏的哥哥张国俊招权纳贿，任用匪人。著名的例子如谢三宾这样鲜廉寡耻的小人，被迫参加鲁监国政权后，竟然走国舅的后门出任大学士。其用人行政由此可见。
张岱对朱以海的评论是：“从来求贤若渴，纳谏如流，是帝王美德。若我鲁王，则反受此二者之病。鲁王见一人，则倚为心膂；闻一言，则信若蓍龟，实意�