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顺治三年（1646年），满清肃亲王豪格和吴三桂率清军由陕南入川，攻打张献忠的大西军。顺治四年（1647年）七月，张献忠撤离成都，北上与清军作战。临走时下令屠城，并将全城放火烧得干干净净。沈荀蔚《蜀难叙略》记载说：“王府数殿不能焚，灌以脂膏，乃就烬。盘龙石柱二，孟蜀时物也，裹纱数十层，浸油三日，一火而柱折”。同年十一月，大西军被清军包围。当时张献忠正忙着在西充屠城，匆忙出城迎战，被清将雅布兰射死在凤凰山（今四川南溪县北）。一个极好享受杀人的乐趣的人终于被人所杀。
张献忠死后十二年（1659年），四川温江县清查户口，全县只有32户，男丁31名，女丁23名，“榛榛莽莽，如天地初辟”。这都是张献忠大肆屠戮的结果（事见民国《温江县志》）。相传张献忠屠尽四川，并非有意污蔑农民军领袖，真是确凿不虚。连鲁迅先生也曾批判过张献忠是“专在‘为杀人而杀人’”。当时的民谚说：“岁逢甲乙丙，此地血流红”，“流流贼，贼流流，上界差他斩人头。若有一人斩不尽，行瘟使者在后头”。近百年来有许多史学家都惊奇地发现，没有哪个四川人是土生土长的，几乎都是从外省迁来的。根据当地语系及相关县志，四川民间所称的上五县：新津、大邑、崇庆、郫县、都江堰的土著多是由“湖广填四川”而来。因为张献忠剿四川把人杀光了，才有清朝初年的“湖广填四川”的大移民。
张献忠死后，清朝官员到成都来接管，城内竟然找不到作廨署的屋舍，四川省治不得不改设在保宁府（今阆中县）。一直到顺治十六年（1659年），才将四川省治迁回成都。那时全川人口大约八万，十里不见人烟。成都全城居民才数十户（零散人口不计），闾巷不存，旧街难认，到处丛莽，兔走雉飞。有人站在南门城墙上，一天之内看见锦江对岸先后有虎十三只相继走过。浩劫如斯，谁之罪欤？（事见《清史》）
中国有句老话：“天下未乱蜀先乱，天下已治蜀未治”。历史上汉族中川人是比较富于反抗精神的，所以总是遭到最野蛮的屠戮。四川历史上有三次大屠杀。
第一次在西晋东晋之交。事起于公元301年，蜀西氐族豪强李特，纠合流民二万馀，自称镇北大将军，在绵竹（今德阳市黄许镇）扯旗造反，陷广汉，围成都，入城大屠杀。李特战死后，其子李雄称成都王，后又称帝。政权无文化，杀人作恶不自知，播乱长达五十年。
第二次在宋元之交。公元1279年，元朝灭南宋，两度陷成都，先后大屠杀。“城中骸骨一百四十万，城外者不计”（引元代贺清泉《成都录》），“蜀民就死，率五十人为一聚，以刀悉刺之，乃积其尸。至暮，疑不死，复刺之”（引《三卯录》）。野蛮民族打江山，同样鄙俚无文化，而作恶又胜过李特父子。元朝八十馀年，成都残破，终无起色。
第三次就是“张献忠剿四川，鸡犬不留”，这次最为残酷，远胜过前两次，空前绝后。2002年成都附近某县基建，挖掘出近万具白骨，据考证也是张献忠所为。
张献忠还在成都立了一块“七杀碑”，上面刻着他杀人如麻的理由：“天生万物以养人，人无一德以报天，杀杀杀杀杀杀杀！”对他来说，好杀人并不是他的责任，蜀人是自作孽不可活，他是在替天行道。1644甲申年十一月十日，大西军驱赶百姓到成都东门外九眼桥屠杀。当刽子手将要举刀时，迅雷炸响三声。张献忠怒斥苍天道：“你放我到人间来杀人，今天为什么用雷来吓我？”命令士兵驾起大炮，对天空连放三炮。这一天，被杀者无算，尸首塞满了河道，九眼桥也因此而折断。
就是这位张献忠，竟然对西方科学技术有兴趣，聘请了意大利传教士利类思、葡萄牙传教士安文思为天学国师，询问西方各国政事、天文、数学等方面的知识。二人曾为献忠制作天球仪、地球仪和日晷等。这两位传教士在《圣教入川记》中真实地记录了张献忠的大杀与小杀，认为他是政策杀人，并非一味颟顸快意杀人，盖以杀人求政权之巩固耳。
跟张献忠比起来，李自成虽然也杀人如麻，但后来能采纳李岩等人的建议，开始收敛形迹，笼络人心，在农民军领袖中确实是出类拔萃的。
【四 李自成的崛起】
李自成1606年出生在陕西米脂县一个贫苦农民家庭。当时天灾人祸不断发生，连续多年闹灾荒，千百万农民身上无衣，口中无食。李自成自幼家贫，还曾经出家当过小和尚，俗名黄来僧。曾经有人附会说，李自成这个名字跟“皇来僧”近音，暗示着他日后能当皇帝。后来李自成因欠债被迫给姓艾的地主牧羊。21岁那年，他因为失手打伤了地主，不得不逃到银川，当一名驿卒（相当现在的邮递员）。驿卒的工作似乎比较轻松，因为李自成的骑射技术就是在当驿卒的时候苦练而成的。
崇祯二年（1629年），崇祯皇帝开始大规模裁减驿站（相当现在的邮电局兼地方招待所）。崇祯三年（1630年），李自成不幸被列入裁员的名单内，失业下岗。此时正值风起云涌，全国到处都有农民起义爆发。二十四岁的李自成也心痒难耐，于是杀死驿站的上司，出了被裁员的恶气。李自成就这样造了反，投到了他舅舅高迎祥领导的农民军中，当了一名八队闯将。
这一时期最有影响的是王嘉胤义军，他们曾经一度占领府谷，称王设官。但是从整体上来说，农民军都是各自为战，没有统一指挥，而且成份相当复杂。农民军在这样恶劣的情况之所以能生存下来，最主要的原因是崇祯忙于应付来自满清的强大威胁。外番一直是明朝最大的威胁，从朱元璋开始，终明一朝也未能彻底解决。
就在崇祯皇帝疲于应付东北满清的时候，陕西的流民四起。明朝政府口中的所谓流寇，是没有一定的根据地，流窜到那里，就裹胁到那里。中国因为疆域广大，天灾人祸很难影响到全国，局部的动乱也很难牵动全国。只有当社会极度不安、内外交困时，才会酿成如火燎原之势。崇祯皇帝不幸正当其时。
李自成等流民起于陕西，很快流入山西，接着又流入河北，蔓延在四川、湖广之境，大有“星星之火，可以燎原”之势。崇祯皇帝这才着了慌。他早知道陕西大旱，甚至发生了易子而食的惨剧，但他总以为这些流民闹不起大事来，顶多也就是抢抢粮食罢了。孟德斯鸠名著《论法的精神》中说：“当一个政府不能很好解决民众的基本生活问题时，是不禁止民众小的违法行为的。”孟德斯鸠的这句话给崇祯皇帝开始并不重视农民军的力量以及后来普遍采用招安政策提供了很好的注解。
流民还没有演变成起义军时，兵部郎中李继贞向崇祯建议说：“这些流民饥饿不堪，将来恐怕都要沦为盗匪，请以帑金十万来救济他们。”当时崇祯没有听，反而派人围剿。
这个时候的流民没有专门的统帅，一旦与明军官兵相遇，流民各自为斗，如果能取胜则人人争先往前冲，一旦打败就立即窜入山谷躲起来。因为流民太多，官军遇贼追杀，根本就不知道他们打的是哪方的流寇。流民或分或合，东西奔突，势力日益强大起来。明军官兵东西奔击，疲于奔命，流寇始终无法剿灭。
既然流寇是生活不下去了才要造反，那我就给你们基本生活的保障，你们总该不反了吧。于是崇祯想到了利用剿抚兼施的策略尽快平息农民起义。三边总督杨鹤执行“以抚为主，以剿为辅”的绥靖政策，意图瓦解农民军。在明军剿抚兼施进攻下，陕西农民军中确实有不少首领都接受了朝廷招安。但这些受招安的人是在利益的诱惑下才投降，一旦发现明朝政府无力兑现时，立即又重新造反，所以呈现出时降时叛的复杂局面。
出现这样流寇越剿越多的状况，总得有人来承担责任吧？这自然不是皇帝的错，于是杨鹤于崇祯四年（1631年）十月被逮捕下狱。
在这个过程中，李自成开始名声鹊起。崇祯六年（1633年），农民军首领王自用病卒后，李自成收其遗部2万余人，与张献忠等合兵，在河南林县（今林州）击败明总兵邓玘，杀其部将杨遇春。
随后，高迎祥领导下的农民军与明军展开了激烈博斗，损失较大。为保存实力，农民军从山西转入河南。崇祯六年（1633年）冬，高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等经渑池县突破黄河防线，转移到豫西。
明朝政府再次逐渐控制了局势。崇祯七年（1634年）初，崇祯任命曾在陕西北部大胜农民军的陈奇瑜（1616年进士，1648年去世）总督河南、山西、陕西、四川、湖广五省军务，专办“流贼”。陈奇瑜不辱使命，不出数月，他在河南西部靠近陕西边界的车厢峡诱歼了数千名农民军。但陈奇瑜很快自己断送了前程。他接受了农民军中名气最大的李自成的投降，还派人将李自成和他的部下遣送回陕北。但李自成随即杀掉护送的明军，突袭了驻扎在渭水的明军。不久后，陈奇瑜被逮捕下狱。
农民军突围后，在豫楚川陕交界山区流动作战，与明军周旋，明军不得不分兵把守要隘，穷于追剿，陷入战线过长、兵力分散的困境。
崇祯八年（1635年），洪承畴继任三边总督，为改变明军被动局面，开始集中力量围剿农民军。洪承畴出陕西，朱大典出山东，两面夹攻农民军，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻。高迎祥义军接连�