建黄、白、红、蓝四旗，万历四十三年合正黄、正白、正红、正蓝并加镶黄、镶白、镶红、镶蓝，正式完成了军政合一的八旗建制。皇太极被任命为管正白旗的贝勒。
万历四十四年（1616）正月初一日，当新年来到的时候，皇太极同诸兄弟们为努尔哈赤举行了庄严而热烈的仪式，上尊号“覆育列国英明汗”，建国称金，也叫大金或后金，年号天命。现辽宁新宾县老城村为当时的都城赫图阿拉，迄今还有“尊号台”的遗址，俗称“金銮殿”。从此在东北大地诞生了一个和明朝对立的国家政权。
在这个后金国家里，努尔哈赤以父和汗的名义处于权力的顶峰。其次就是他的子侄四人，称和硕贝勒，他们“共议国政，各置官属”。此四人依年齿次序为：大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极。统称为四大贝勒。他们相当于汉人所说的王，所以有时也称大王、二王、三王、四王。阿敏是努尔哈赤之弟舒尔哈齐之子，其余三人均为努尔哈赤之子。在四人中，皇太极排在最后，这并不表示他的地位低。天命六年（1621）二月，努尔哈赤“命四大贝勒按月分直，国中一切机务，俱令直月贝勒掌理”。这说明他们的地位和权力是同等的。
不仅如此，在后金所从事的主要战争活动中，皇太极献智献勇，发挥了重要的作用。天命三年（1618），努尔哈赤下定决心要对明朝发动进攻，但是具体怎样行动，却议而未决。而在欢庆努尔哈赤六十大寿的宴席上，皇太极献上一计。他提出先打抚顺，“抚顺是我出入之处，必先取之”。并建议利用明朝守城游击李永芳要在四月八日至二十五日大开马市的机会，派遣五十人扮作马商，分成五伙，入城为市，继之由他亲自带领五千士兵夜行至城下，里应外合，两面夹攻。努尔哈赤欣然接受他的建议。四月十三日以“七大恨”誓师征明，结果大获胜利。抚顺之战是后金与明朝的第一次大战，对后金以后的发展影响深远，皇太极的献计献策及亲临战阵，对后金的胜利有决定性的作用。
抚顺兵败城陷的消息传到明都，“举朝震骇”，多年不理朝政的明神宗惊呼：“辽左覆军陨将，建州势焰益张，边事十分危急”。为了置后金于死地，明朝于万历四十六年（1619）联合女真叶赫部及朝鲜，发动了著名的萨尔浒之战。明朝倾全国之力，集中将士近十万人，分四路向后金都城赫图阿拉进攻，企图围而歼之。这对后金是个严峻考验，生死存亡，在此一举。努尔哈赤针对明军分进合击的进攻战略，采取了集中优势兵力各个击破的反攻战略，提出：“凭尔几路来，我只一路去！”尽管明朝进攻的军队在南方首先暴露出来了，而后金的努尔哈赤、代善等还是判断明朝的西路军是主力，即从抚顺来的杜松军。所以代善、达尔汉辖领兵先行开往抚顺。大军过扎喀关（三道关），欲按兵等待努尔哈赤，皇太极提出不可等待，要加快步伐，以防止明军攻击后金筑城的民夫。行至太兰冈，代善、达尔汉辖又欲将军队隐蔽起来，皇太极也不同意，说应当耀武扬威，对敌布阵，民夫看到这种情形，也会奋勇参战。后金的头号功臣额亦都非常赞成皇太极的主张。按着皇太极的意见，后金军进至萨尔浒（今辽宁抚顺大伙房水库东侧），与明军大战，在筑城民夫配合下，歼杜松于铁背山，首战告捷。继而北向迎击开原总兵马林一路明军，途中皇太极又打败了杜松军的后营游击龚念遂、李希泌。在西、北两路已胜，准备转战东路时，皇太极紧跟代善、阿敏、莽古尔泰之后，赶赴前线。他和代善在阿布达里冈（今辽宁新宾县榆树乡嘎巴寨村南十里）与明军相遇，互相配合，大败明军，明总兵官刘綖力战而死。另一路明军在李如柏率领下，未及交锋，狼狈逃回。萨尔浒之战是后金与明朝的第一次大决战，皇太极为赢得此战的胜利立下了汗马功劳。
满族是在明代各部女真统一的基础上形成的一个新的民族共同体。皇太极对满族的形成，有特殊的贡献。萨尔浒之战前，叶赫部依靠明朝的支持，一直抵制努尔哈赤的统一。经此一战，叶赫和明朝的联军被打败，它存在的基础动摇了。接着后金又下开原、铁岭，叶赫更加孤立。但是叶赫首领金台石（锦台什）、布扬古（布羊古）拒不投降。天命四年八月，努尔哈赤进攻叶赫，金台石、布扬古分别占据东西二城顽强抵抗。金台石在东城已被攻破而走投无路的时刻，请求见皇太极，说见他以后可以投降。皇太极是他的外甥，特意从进攻西城的战场上来到东城。见面之后，皇太极百般劝金台石投降，然他个人顽固到底，纵火*。从此叶赫部被统一。这标志着一个新兴的满族已登上历史舞台。史载：“满洲国自东海至辽边，北自蒙古嫩江，南至朝鲜鸭绿江，同一音语者，俱征服。是年诸部始合为一。”
努尔哈赤一生事业的顶峰是率兵进占辽沈，在辽沈大地建立起稳固的统治。皇太极积极帮助他父亲实现这一大业。进占辽沈之前，代善、皇太极和努尔哈赤本人都多次领兵至这一地区骚扰。但皇太极却是他们当中较早认识辽沈之重要及主张将其占领的一个人物。天命五年六月的一天，皇太极领铁甲八千骑突袭沈阳北境，掠走一千余人。过去“遇唐人辄尽屠，今则一切不杀”，以争取民心。八月，皇太极等随努尔哈赤领兵攻掠懿路、蒲河（沈阳城东北）。明军出城反击，皇太极率精锐轻骑追杀，一直想杀入沈阳城内，被代善劝止了。第二年，二月十一日，皇太极又随父统八路大军，攻掠奉集堡（今沈阳城南苏家屯区奉集堡）。皇太极麾下精兵进至黄山，并追击明将朱万良至武靖营（今沈阳市西南苏家屯区大武靖营）。
天命六年努尔哈赤发动了辽沈大战。皇太极是这次大战的策划者之一和冲锋陷阵的前线指挥官。三月初十日，后金倾国出兵，十二日兵临沈阳城下，明总兵贺世贤出城抵御被战败，十三日后金占领沈阳。明援辽总兵童仲揆、陈策及周敦吉等继与后金兵大战浑河。皇太极奋勇参战。后金的将领雅松遥望明兵，胆怯而退，皇太极却毫无畏俱冲上去，打败明军，并追杀至白塔铺（今沈阳市南郊）。然后与明奉集堡守将李秉诚、朱万良、姜粥接战。皇太极以百余骑击败明朝三总兵。第二天，努尔哈赤斥责雅松说：“我的儿子皇太极，父兄依赖如眸子，因你之败，不得不杀入敌营，万一遭到不幸，你的罪何止千刀万剐！”怒斥之后，将其削职。
攻下沈阳城后，后金兵进城住了五天，三月十九日，努尔哈赤又统大军攻向辽阳。明朝在辽沈的所有兵将都集中在这个古老的重镇。皇太极率后金右翼四旗兵冲锋在前，在左翼四旗兵配合下，于辽阳城外打败明军，直追至鞍山界方返回。二十一日，经过城外城内的反复激战，后金攻取了辽阳，明朝守城的经略袁应泰*，巡按御史张铨被活捉。这位大明的忠臣不肯屈服于后金。李永芳去劝降，被他大骂一顿。皇太极用宋朝徽、钦二宗降金的故事进行说服，他虽然终未低头，但对皇太极却表示相当尊重。从中反映出皇太极不单是后金英勇善战的一员骁将，而且已经是比较成熟的政治家了。后金在辽沈大战的胜利，影响所及至于辽河以东七十余城相继而下，连同以前所得，后金已经把东北的绝大部分地区纳入了它的统治范围。后来皇太极就以辽沈为中心，统一了全东北及蒙古的一部分地区。天命六年后金迁都辽阳，十年定都沈阳。
努尔哈赤于天命十一年（1626）八月十一日病逝在叆鸡堡（今辽宁沈阳市城南大爱金村）。九月一日，皇太极继父登汗位。这次汗位易人，充满了激烈复杂的斗争。
首先是，努尔哈赤临终前没有明确选出汗位继承人。后金建国前，他曾想让长子褚英接班，后来又有意使次子代善嗣位，均半途而废。天命六年正月十二日，努尔哈赤与代善、皇太极等对天焚香发誓，让子孙互相辅佐，勿开杀戒，二月又令代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极四大贝勒，“按月分直”。终未指定继承人。
代善
其次是，努尔哈赤诸子欲为汗位继承者不止一、二人，他们早已展开明争暗斗。其中皇太极与代善争夺最烈。萨尔浒大战、辽沈大战，他都与代善争过功。那时朝鲜人估计努尔哈赤死后，代善“必代其父”，而皇太极“潜怀弑兄之计”。此外，还有乌拉纳喇氏所生的多尔衮。努尔哈赤死时，乌拉氏只有三十七岁，她为大妃，年富力强，“有机变”，她很想立其子为汗。努尔哈赤一合上双眼，她就被逼殉夫，理由是“心怀嫉妒”。到了顺治初年，多尔衮还说皇太极的为汗，“原系夺立”，也透露了争权的内幕。
第三是，努尔哈赤已经说让代善继嗣之后，又想用皇太极取而代之。努尔哈赤一位从弟叫阿斗，“勇而多智”，努尔哈赤曾询问他：“诸子中谁可以代替我者？”答：“智勇俱全，人皆称道的人就是了！”努尔哈赤立刻明白了，他所指的就是皇太极。这件事很快传了出去，代善知道后深为不安。阿斗又暗中告诉代善，皇太极准备对他下手，代善向努尔哈赤哭诉了事实真相，努尔哈赤追查到了阿斗那里，处罚了他。
但是，努尔哈赤死后，皇太极终于登位为汗。与其争夺汗位者，只牺牲了一位乌拉纳喇氏。皇太极能取得这场斗争的胜利，原因在于，一是他本人当时的势力比较强大，有战功，有政治斗争3经验，年仅十五岁的多尔衮不能与他相比。二是努尔哈赤死时，后金国家已经是稳定的政权，继他为汗者，必须有治国才能。这一点皇太极最合适。他在努尔哈赤诸将中是“仅识字”的一个，又对努尔哈赤的统治，“多所赞画”。夺取辽沈时，他首先注意收养辽人，表