上潮鲜国王）曰：‘清国咨文中有皇父摄政王之语，此何举措？’金自点曰：‘臣问于来使，则答曰今则去叔字，朝贺一事，与皇帝一体云。’郑太和曰：‘敕中虽无此语，似是已为太上矣！’上曰：‘然则二帝矣！’”清廷使臣答朝鲜官员金自点那句话，含糊其辞，闪闪烁烁，正可说明其中有难言之隐，朝鲜大臣郑太和已看出其中委曲，指出多尔衮已作了太上皇，那么实际上就是说多尔衮已经当了皇帝的父亲，这跟说太后下嫁摄政王是一个意思。
多尔衮死时，追谥为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪，神位附太庙（祭祖之地），这种待遇，除了皇帝本人，只有以旁支入继大统的皇帝的生父才配享用，如果作为皇叔或者辅政大臣，多尔衮是难以企及的，所以我们可以说，孝庄下嫁多尔衮是很有可能的。相信随着新史料的发现，这个历史疑案迟早会真相大白。
顺治亲政，改革吏治
顺治七年（1650）十二月，多尔衮出猎，死于喀喇城，被追尊为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪。福临亲政，来到两月，即宣布多尔衮“谋篡大位”等种种罪状，削爵毁墓并撤去太庙牌位，籍没家产，多尔衮的党羽也受到清洗。在“倒多”过程中，济尔哈朗取而代之，成为一个新的权力集中点。孝庄敏锐地发现了这一苗头，防微杜渐，让福临发布上谕，宣布一切章奏悉进皇帝亲览，不必启和硕郑亲王（济尔哈朗），消除了可能产生的隐患。年少的皇帝在太后的安排下理政、读书，如饥似渴地吸收汉文化，在大胆使用汉官、整顿吏治等方面，开创了清初政治新局面。
母子斗法，顺治遗恨
权力斗争刚告一段落，孝庄又陷入家庭矛盾的旋流。
如前所述，满蒙联姻，是清太祖努尔哈赤在位时定下的既定国策。大清帝国的建立，蒙古八旗也立下汗马之功，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚为股肱的力量。为了确保这种关系代代相传，也为了保持自己家族的特殊地位，福临即位不久，孝庄就册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后，顺治皇帝条政当年，就大礼成婚，正中宫之位。自古帝王婚姻，总是带有明显的政治色彩，人的喜好与感情则是次要的。而福临恰恰缺乏这种胸怀，他更多以自己的好恶来对待这种关系。皇后博尔济吉特氏聪明、漂亮，但喜欢奢侈，而且爱嫉妒。本来，作为一个贵族出身的女子，这些并不是什么大毛病，但福临却不能容忍，坚决要求废后另立。这个未成年的皇帝性格十分执拗，尽管大臣们屡次谏阻，仍然坚持己见，毫不退让。顺治十年（165）八月，孝庄见儿子实在没有回转余地，只好同意，皇后降为静妃，改居侧宫。为了消除这一举动可能带来的消极政治影响，孝庄又选择蒙古科尔沁多罗贝勒之女博尔济锦氏进宫为妃。但福临对这位蒙古包里出来的漂亮姑娘同样不感兴趣
董鄂氏被接入宫中皇贵妃在后宫的地位仅次于皇后，不过福临对董鄂氏的感情，已到了无以复加的地步。他认为董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人选，因此准备二次废后。假如福临再度废后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宫主子之位，势必影响满蒙关系，倾动大清帝国的立国之基，孝庄毫不犹豫地对儿子的举动进行了抑制。结果，母子间出现隔阂，顺治皇帝甚至公然下令抠去太庙匾额上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，对于安排自己命运的同族婆婆并无丝毫感激，相反把不幸和怨恨，统统归集到太后身上，连太后病倒，也不去问候一声。对于这一切，孝庄都忍受了。宽容理解是她的原则。这种微妙紧张的母子婆媳关系维持了五六年，幸而她有多年的政治经验和坚毅的性格，清帝国的基业才不致因后宫的倾动而发生动摇。孝庄这种苦心，福临与皇后恐怕都不理解，倒是通达人情的董鄂氏能够体谅孝庄的苦衷，她主动周旋于皇后与皇帝之间，缓和调节双方矛盾，有时起到孝庄所难以达到的作用。唯其如此，孝庄有什么事总是找董鄂氏商量，有什么话总是找这个儿媳妇说，以至于到后来，婆婆对儿媳几乎到了不能离开的地步。
顺治十四年（1657）十月，董鄂氏产下一子，四个月后不幸夭折，丧子的悲伤使她郁郁成疾，宫廷矛盾的精神重负使她原来有病的身体更加虚损赢弱。顺治十七年（1660）八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打击，精神颓落，恹恹无生趣，未出半年，患痘。
四臣辅政，玄烨擒鳌
福临死前留下遗嘱，八岁的皇三子玄烨入继皇统，改元康熙。为了避兔摄政王鳌拜专权的悲剧重演，皇帝有意撇开皇室亲王，安排了四位忠于皇室的满洲老臣索尼、遏必隆、苏克萨哈和鳌拜辅政。当时安徽有位叫周南的秀才千里迢迢赶到北京，请求皇太后垂帘听政，孝庄严词拒绝了，因为清建国之初曾总结历史上外戚干政导致亡国的教训，规定后妃不得临朝干政，孝庄当时虽有足够的声望与资历临朝，但此例一开，将来或许贻息后代。因此她坚持了大臣输政的体制，把朝政托付给四大臣，自己则倾力调教小孙子，培养他治国安邦的才能，以便他亲政后能担当起统御庞大帝国的重任。没有想到顺治所择非人，口是心非的鳌拜很快暴露出专横暴戾的本性，欺皇帝年幼无知，广植党羽，排斥异己，把揽朝政，俨然是摄政王再出。鳌拜出身戎伍，对于顺治朝吸收汉文化变更礼制的做法很不适应，一朝权在手，便把令来行，凡事都要循祖制、复旧章，并且公然打破顺治四年不再圈地的禁令，借旗地交换之机，扩大圈地，使大批农民流离失所。鳌拜这种倒行逆施的行为，引起朝野上下的不满，但大部分人慑于鳌拜淫威，不敢作声。辅政大臣中，索尼年老畏缩，遏必隆软弱，依附鳌拜，唯一敢于与鳌拜顶着干的苏克萨哈资历浅，一直处于受压地位。康熙（1667）六年，玄烨十四岁，按例亲政。但鳌拜不但没有收敛，反而变本加厉。苏克萨哈因为受鳌拜压制，乘皇帝亲政之机，上奏辞职。请求去守先帝陵寝，“俾如线余息，得以生全”。实际上是向皇帝抗议鳌拜的专横。鳌拜也清楚苏克萨哈的用意，他和同党一起，捏造苏哈萨克二十四条大罪，将苏拘捕入狱，要处以极刑。苏克萨哈从监狱里送出申诉，皇帝获悉，坚决不同意，鳌拜竟“攘臂帝前，强奏累日”，最后，将苏克萨哈处以绞刑，九族株连，家产没官。鳌拜的存在已成为皇帝权威的一个威胁，但鳌拜羽翼已成，处置稍有不当，可能就会激成巨变。如何解决这个问题呢？此时的孝庄对这些问题已有了相当经验。她悄悄关照性急的孙子，要他隐忍一切，同时不露痕迹地布置起来。也不知从哪一天开始，皇宫里出现了一批少年，专门练布库（满语：摔跤），说是皇帝喜欢这种布库戏。对于一个十四五岁的少年来说，这是完全可以理解的，所以谁也没有多想什么。就在大家对宫廷布库戏习以为常的时候；康熙八年（1669）五月的一天，鳌拜进宫晋见，在路两旁要着玩的小孩突然一拥而上，七手八脚把他擒住了，等到鳌拜缓过神来，纵有过人膂力，都已无济于事了。魔头落网，党羽流散，威胁皇权的鳌拜集团，就这样未动一刀一枪，连根拔除了。皇帝夺回了权力。
祖孙携手，共治天下
顺治皇帝临终时，原属意于次子福全，孝庄看中了玄烨，通过皇帝信赖的传教士汤若望说项，才改立玄烨，所以说玄烨是孝庄一手扶立的。玄烨八岁即位，十岁时生母佟佳氏亡故，照看他的是祖母孝庄太皇太后，所以祖孙二人感情十分融洽。孝庄不但关心他的起居，而且对他的言语举动，都立下规矩，严格要求，稍有逾越，则严厉批评，不稍宽纵与假贷。在她的教导下。玄烨健康成长，一个未来杰出帝王的特质和寸具，在少年时代打下了孝庄与康熙根基。鳖拜集团铲除后，孝庄放手让玄烨理政，让他在实践中得到锻炼，又一再提醒他要谨慎用人、安勿忘危、勤修武备等。对于祖母的教诲玄烨非常尊重，重大事情无不先一征求意见，然后施行。在他们的携手努力下，清王朝从动乱走向稳定，经济从萧条走向繁荣，为平定三藩、统一台湾和边疆用兵等大规模战争奠定了物质基础。清王朝在康熙朝形成第一个黄金时代，其中包含了孝庄的一份功劳和心血。
祖孙情深，情感天下
孝庄生活俭朴，不事奢华，平定三藩时，把宫廷节省下的银两捐出犒赏出征士兵。每逢荒年歉岁，她总是把宫中积蓄拿出来赈济，全力配合、支持孙子的事业。她的表率行为，更使皇帝增加十二分敬意。康熙二十一年（1682）春，皇帝出巡盛京，沿途几乎每天派人驰书问候起居，报告自己行踪，并且把自己在河里捕抓的鲢鱼、鲫鱼脂封，派人送京给老祖母尝鲜；二十二年（1683）秋，康熙陪祖母巡幸五台山，一到上坡地方，皇帝每每下轿，亲自为祖母扶辇保护。孝庄与皇帝这种亲密和谐的关系，反映了她的为人，与二百年后同样经历三朝、对中国政治产生重大影响的慈禧太后，是截然不同的。
太后病逝，追封皇后
康熙二十六年（1687）十二月，孝庄太后病危，康熙皇帝昼夜不离左右，亲奉汤药，并亲自率领王公大臣步行到天坛，祈告上苍，请求折损自己生命，增延祖母寿数。康熙在颂读祝文时涕泪交颐，说：“忆自弱龄，早失估恃，趋承祖母膝下，三十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立，同极之恩，毕生难报……若大算或穷，愿减臣龄，冀增太皇太后数年之寿。”然而自然规律是无法抗拒的，该月二十五日，孝庄走完了她的人生旅程，以七十五岁的高寿安然�