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朱元璋大怒，立刻逮捕胡惟庸等人审讯。
被牵引联告的御史大夫陈宁，很早因文字才气为朱元璋任用，但此人本性严刻，在苏州任地方官时为催赋烧铁烙人，人称“陈烙铁”。他入京为御史后，益加严苛，连朱元璋都数次责斥他。陈宁儿子劝其收敛，他竟然操起大棒把儿子活活打死。朱元璋闻讯，深恶其杀子之举，说：“陈宁对儿子如此，心中怎能有君父！”闻皇帝此言，陈宁心惧，故而串通胡惟庸谋反。
据《明通记》记载：洪武十三年正月，胡惟庸诡言其府中水井出醴泉，邀朱皇帝临幸。驾出西华门，有一太监云奇驰马冲驾，因气勃口不能言，比比划划。朱元璋怒其不敬，令左右乱棒击打，把云奇胳膊都打断，几乎当场打死，但英勇的云公公仍然指划胡惟庸宅院做刀砍状。“上悟，乃登城望其第（胡家），（见）藏兵复壁间，刀槊林立。（帝）即发羽林（军）掩捕。”
此记，实乃小说家语。老朱半老头子，又没望远镜，不可能在宫城上看得见胡惟庸家中的情形。
实际情况是，涂节上告，加上商嵩上告，他派人逮捕胡惟庸，自然一审即清。
案子定结，胡惟庸、陈宁，包括首先上告的涂节，皆拉入集市碎剐，族诛诸人，并杀老胡党羽、僚属以及一切与胡惟庸有关系的人（包括向他送过书画签过名的几个文人画家），共一万五千余人。
本来，名单中还有大文豪宋濂。由于他孙子与胡惟庸相识，不仅孙子被杀掉，连累得已经退休的老宋被解送入京要挨刀。幸亏有马皇后解劝，言宋濂曾为诸王老师，又不知谋反事，被“从轻”发落流放茂州，但中途病累而死。
当时，群臣认为李善长知情不告，也应加罪，朱皇帝还装宽容仁义，说：“朕初起兵时，李善长即谒军门，称‘有天有日矣’，是时朕二十七，善长年四十一，所言多合我意，赞画献谋，劳苦实多。陆仲亨年十七，父母俱亡，恐为乱兵所掠，持一斗麦藏于草间。朕见之，呼曰‘来’，立即从朕。既长，以功封侯，比皆吾初起时股肱心腹，吾不忍罪之。”
但是，过了十年，老朱为诛除群臣，旧事重提，不仅赐死李善长，又族灭李善长全家以及陆仲亨等人，滥杀两万多，株连蔓引，数年未平。
李善长最冤，这位“萧何”不仅自己以古稀之年要上吊，三族被诛，只有当驸马的儿子李祺侥幸逃过一命。为此，虞部郎中王国用上书为老李辩冤：
“（李）善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。藉令欲自图不轨，尚未可知，而今谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然。人情爱其子，必甚于兄弟之子，安享万全之富贵者，必不侥幸万一之富贵。善长与惟庸，犹子之亲耳，于陛下则亲子女也。使善长佐惟庸成，不过勋臣第一而已矣，太师封公封王而已矣，尚主纳妃而已矣，宁复有加于今日？且善长岂不知天下之不可幸取。当元之季，欲为此者何限，莫不身为齑粉，覆宗绝祀，能保首领者几何人哉？善长胡乃身见之，而以衰倦之年身蹈之也。凡为此者，必有深仇激变，大不得已，父子之间或至相挟以求脱祸。今善长之子（李）祺备陛下骨肉亲，无纤芥嫌，何苦而忽为此。若谓天象告变，大臣当灾，杀之以应天象，则尤不可。臣恐天下闻之，谓功如善长且如此，四方因之解体也。今善长已死，言之无益，所愿陛下作戒将来耳。”
由于这封原本大才子解缙代笔的奏疏写得过于合情合理，杀人如麻的朱皇帝竟然没生气，不了了之。但字里行间也虚透这样一个消息。朱皇帝迷信，不过杀李善长避天灾罢了。大功臣如此待遇，老朱也忒狠了些。
胡惟庸一案，除李善长、陈宁、涂节等人族诛以外，还有如下等功臣也牵涉入案被族诛：古安侯陆仲亨、平凉侯费聚、延安侯唐胜宗、南雄侯叶升、济宁侯顾敬、临江侯陈镛、营阳侯杨通、淮安侯华中、申国公邓镇以及诸将丁玉、李伯升等人。
这些人名，读明朝开国史的人一定觉得很眼熟。不错，千百战役中，为朱元璋出生入死的，皆是这些人及其子弟家属。
再谈谈蓝玉一案。
蓝玉与胡惟庸一样，也是定远人，乃明朝开国大功臣常遇春小舅子。此人长身赤面，仪表堂堂，是个勇略双全的大将材料。他最早录于常遇春帐下，临敌勇敢，所向皆捷。后来，他跟从傅友德代蜀地，从徐达北征，与沐英一起定云南，功勋卓著。朱元璋娶其女为自己的儿子蜀王为王妃。
洪武二十一年，蓝玉与大将冯胜北征残元军，在金山击降蒙古哈纳出二十万众，并顶替冯胜为大将军。（冯胜在明开国功臣中名列第三，北伐大胜后，朱元璋借口他藏匿良马、向哈纳出老婆索求大珠异宝，诬之以罪，逮捕软禁于凤阳。诛蓝玉后两年，又下诏赐死于南京。）
投降的哈纳出随傅友德征云南，中途病死。其子察罕倒霉，这位蒙古青年最后竟坐蓝玉案被诛。
蓝玉屯兵蓟州，在洪武二十一年统大军十五万，深入漠北，在捕鱼儿海大败北元可汗脱古思帖木儿（元顺帝之孙），俘获蒙古王公、妃、公主、将校以及兵卒八万多人，脱古思帖木儿仅与数十人逃脱。不久，蓝玉领兵破蒙古哈剌率军，获人畜六万余。还师后，得封凉国公。洪武二十二年，蓝玉督修四川城池；二十三年，蓝玉率军平灭施南、都匀等地土人造反；二十四年，蓝玉总七万兵马，定西番，平灭月鲁帖木儿之叛。
功成还师，蓝玉被加衔为“太子太傅”。闻此，他怏怏不乐，说：“我的功劳，难到不能当太师吗！”
朱皇帝闻此，杀心大动。
蓝玉身为大将军，的确比较跋扈，平时多养义子，乘势暴横。朝中御史按察，他也敢驱逐这些“纪检”人员。而且，俘获北元可汗妃子后，他也敢入帐强奸，使得元主妃子羞愧自杀。
即使没有这些“过错”，以蓝玉的功劳和能力，他也逃不出一个“死”字。
洪武二十六年春，锦衣卫指挥蒋献上告蓝玉“谋反”，蓝玉被逮捕。
只要进了大牢，没罪也要有罪，据狱辞上记载：“蓝玉与景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等密谋为逆，将伺帝外出耕田举事。”这种“口供”，百分百是屈打成招。
据《明通鉴》记载，蓝玉征讨纳哈出回京后，对太子朱标曾报说：“我观燕王（朱棣）在北平，阴有不臣之心，殿下应该有所防备。”蓝玉之所以亲近太子，是因皇太子妃是常遇春女儿，蓝玉本人是常遇春小舅子。有这层关系，他自然倾向于太子一系。
皇太子朱标天性孝友，自然不信。
但燕王朱棣不久即得知蓝玉的一番说话。所以，太子朱标病死后，朱棣入朝，便意味深长地劝父皇“注意”蓝玉等人“尾大不掉”。
史载，“上（朱元璋）由是益疑忌功臣，不数月而祸作”。
朱元璋、朱棣一对巨阴父子，两人合计，任谁也活不了。
蓝玉一案，族诛一公、十三侯、二伯，牵连被杀一万五千多人，元功宿将，相继诛戮。
谋逆之罪一般都是碎剐凌迟处死，念及蓝玉与自己是儿女亲家，老朱心一软，宽大处理：碎剐改成剥皮。
这样，刽子手把蓝大将军全须全尾整张人皮剥下来，算是留了全尸，并把人皮送往他女儿蜀王妃处“留念”。
明末农民军攻破蜀王府，在王府祭堂发现了这件“文物”。
要说朱皇帝真是天下大残忍人，洪武八年，杀德庆侯廖永忠（沉小明王那位爷）；洪武十三年，鞭死永嘉侯朱亮祖父子；十七年，杀临川侯胡美；二十五年，杀江夏周德兴；二十七年，赐死定远侯王弼、永平侯谢成以及颍国公傅友德；二十八年，赐死宋国公冯胜——所有这些人，均为明朝开国浴血奋战半生。
至于文臣方面，老朱也不手软，李仕鲁谏言不要佞佛，被武士掼死阶下；叶伯巨谏言诸王分封太侈，被拷死狱中；王朴廷辩，老朱怒其“无礼”顶嘴，乱棍打死；张来硕谏止取已婚配的少女做宫女，被当廷割肉而死；茹太素进忠言，被拿下去砍头，等等。加上日后的“空印案”及“郭恒案”，朱皇帝诛死文臣无数。
四十年间，根据老朱自己审定的《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》等统计，所记枭首、凌迟、族诛、剥皮、抽筋等共计一万多案，杀人上十万，以至于杀到后期，连地方办事的官员都严重空缺，出现了罪官带枷坐堂办案理事的“奇迹”——倘使这些“犯官”不办事，政事就无人料理了。
老朱不仅爱杀人，他还喜欢花样，不仅恢复了黥刺、劓刑，又新发明了去势、挑膝、抽筋、刷洗（不是洗澡，而是用竹批搓肉把人搓死）等新名目，极肆淫毒，以至于众官上朝前，皆像赴死一样和妻儿诀别，嘱托后事，惟恐上班就回不来了。晚上活命回家，阖家欢喜，庆幸又活一天！
文臣武将中，第一功臣徐达在洪武十八年生背疽，最忌吃蒸鹅。老朱闻讯，特赐“蒸鹅”一只，徐达不敢不吃，跪在床上谢恩，撅着屁股一口一口吃完，不几日病发身死。
据笔者揣测，蒸鹅不一定能吃发了把人吃死，只不过皇帝已明确表明了态度，不死，就“辜负”了朱皇帝，弄急了没准族诛。为保全宗族，老徐只能舍己救人，服毒药“按时”过去了。
真正幸免于难的，只有主动交兵权的老朱儿时玩伴汤和以及老朱外甥李文忠。有传李文忠被老朱毒死，可能不是事实。所以，老朱臣下最“幸运”的，当属早先病死的常遇春和邓愈，二人死得是时候，不仅死后封王，后代也得保全，早死而得“福全”，悲哉！
为此，清朝历史学家就发过感慨：
汉高（祖）诛戮功臣，固属残忍，然其所必去者，亦止韩（信）、彭（越）。至栾布则因谋反而诛之，�