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因为缺乏训练有素的行政人员，他们一般地都没有做到接收和管理农村作为人员和粮食的基地。他们攻打一个又一个城市，靠掠夺和征收的物资过活，跟皇家军队差不多。所有这些都由于他们狭隘的宗教信仰而来，可是这就使中国的士大夫阶级同他们敌对起来，本来这些士大失阶级是能够替他们管理一个政府的，他们却没有被派上用场。结果是地方上有土地的上层人士在农村稳坐不动，没有发生社会革命。同时太平军最初的信仰和严格的军纪逐渐松弛，也使运动受到损害。在南京城里，领袖们很快有了各自的军队、宫殿、殡妃和拥护者。他们花去很多时间过细制定贵族等级、荣誉和礼节的制度。1860 年外国传教士进见太平天国首相时，见他头戴一顶绣金的王冠，穿着和他的军官一样的红黄色丝绸的袍子。原来平均主义只实行于士兵之间。
到1856 年，最初的领导者自己毁灭了自己。当时的行政和军事统领东王杨秀清阴谋夺取天王洪秀全的王位。洪则密诏北王韦昌辉暗杀杨秀清及其部属。韦醉心权位，遭忌被杀。翼王石达开恐累及自己，脱离南京，率大军西去，留下洪一人和一些无能的亲信坐以待毙。后来，国民党和共产党都试图从太平天国反对满清的民族主义和社会改革的活动中取得某些历史经验。太平军反对一切旧的恶习― 赌博、鸦片、吸烟、偶像崇拜、通奸、娟妓、缠足，特别赋予妇女自由，她们支持甚至服务于军队，并管理宫廷事务以代替太监。但是太平新历和根据他们的教义和洪秀全著作而实行的科举考试，并不比老的好；把25 户人家连成一个大户的理想，一直没有在农村实行。最后一任首相，洪秀全的侄子洪仁轩① ．虽同传教士相处几年，有一套西方化的纲领，却也未能实施。同时太平天国领导的昏庸无知、排外自封，既没有经济纲领，又没有创造性地建立起自己的军事权威，导致了中国百姓惨遭涂炭，民众叛乱在中国很少有好结果。现在这次也给基督教带来一个坏名声。
①原文如此。应为洪秀全族弟。― 译者
洪秀全借用基督教起事，不管出了多少毛病，是1890年以前中国从西方取来的最大一项娜借。太平天国的耶稣教对于违犯“十诫，的人，处以死刑。当那个顽固不化的怪物、英国领事米多斯在1853 年见到太平天国“北王”韦昌辉时，他向韦背诵“十诫”。韦吓得魂不附体，大声喊叫说：“我们正是这样啊！我们正是这样啊！〃
当然，耶稣教传教士们看到别人侵犯了他们孜孜不倦的专享物《圣经》 时，是痛恨的。那些更抠书本的人对于洪秀全自称是耶稣的兄弟，并且把中国的家族制度塞进基督的天堂，称做上帝和耶稣的妻子，简直觉得是奇耻大辱。洪秀全假借基督教，在今天看来，无疑是把基督教变为中国文化一部分的最好机会。没有中国人自己的先知，什么外国信仰能够征服中国呢？
那些少数贸然到了南京的传教士，虽然受到客气的接待，却有个鲜明的印象，就是太平天国的基督教徒们，并不向他们请教基本的教义。太平天国的中国人都自视甚高，把自己看作“中土”之民，比别人优越，虽然对“外国兄弟”一般说还是客客气气。他们的第六“诫，； ： “你们不应杀人、伤害人”，用中国话翻出来，是“全世界是一家，男子都是亲兄弟”。洪秀全为小孩子背诵而编写的《 三字经》 讲述了上帝怎样帮助摩西和以色列人的故事，以及耶稣的生活和作为救世主而死的事，还把中国古代商朝和周朝崇拜天帝之事与之并列（无意中沿用了耶稣教的说法）。但是讲到秦、汉、宋代的统治者，又说他们迷失正轨了，直到1837 年他被接入天堂、受命驱逐满族魔鬼、拯救世（中国）人，才改过来。这真是一种文化上的种族杂拌学说，但是对于外国传教士说来，很少人听得进去。所以他们失掉一次机会。同时，天主教的法国反对太平天国的耶稣教，认为它是马丁？ 路德放出的魔鬼又一次露头了。
太平夭国像迎太基一样在历史中消失了― 只是留下个名字而已。现有的记载都是有偏见的，因为帝国主义毁灭了所有太平天国时的文献，除了主要为外国人保留的外（有些是本世纪在法国和英国图书馆里找到的）。太平天国到最后几年出现了有才干的领袖，但为时太晚，一个这么多人为之奋斗而牺牲了生命的事业，必然有很多贡献，但也只是和满族统治下衰老的秩序比较而言。
对于错误领导下的太平天国运动的镇压，完全取决于满清帝国方面能否通力合作，这也不是一件容易的任务。但是，尽管差不多每个省都被太平军侵人过，据守过，而清廷方面仍在若干地方保守州县官僚机构收税甚至上缴税款。对于省内过境贸易，还征收了一种新税― 厘金。鸦片生意自1858 年英国要求合法化以后，也征税了。
经过动乱频仍的10 年，清廷国库空虚，朝政危殆，1960年一个新的儿皇帝（同治）登基，186l 年北京终于发生了一次政变。简言之，1856 年以来和英法作战毫无战绩的死硬的排外派，被一个新的满族领导所取代了。新政府采取了一个两面政策：对外，接受不平等条约制度以绥靖外国列强，对内则给予汉人以统率权，借以击败叛乱。这就开始了清朝的“中兴”。
战败太平军的新统帅是一个湖南出身的儒家学者曾国藩。他真正靠孔子经典起家，并且实行得很有成效。1852 年，他奉旨在家乡创办民团，曾对太平军的异端做法极为愤慨，自己搞团练自卫。他按照传统，招集了一批性格相似的指挥官。这些人不仅忠于他本人，同时也挑选了他们手下的军长，这些人再一个一个地征募士兵，这样建立起一个官兵之间互相熟悉、互相支持、一心作战的网络。它是一种将符合身份地位、活跃家族制度、互相承担责任的原则应用于军队的办法，结果证明行之有效。士兵从合适的家庭中选拔出来，待遇好，训练严。
曾国藩在长江上建立起内陆海军，创办兵工厂，经营各种后勤。太平军中南方来的客家战士战斗意志开始疲敝，曾国藩的水师则打起胜仗来。原来对汉人怀疑的满族人，不得不冒风险信任汉人会忠于旧秩序。曾国藩能够把他的副将们当作省督使用，动员他们在华中一带协同作战。他巧妙地诱使太平军从长江上游下来，在两湖首府武昌作战。武昌曾六次易手。然后他又诱使太平军从长江下游移师西上。这时英法两国于18 切年派兵进攻了北京，迫使中国签订不平等条约后，终于放弃中立，帮助满清政府守住上海、宁波地区。
镇压是一件血腥的勾当，对于战俘，没有东西给他们吃，更谈不到使用他们。长江重镇安庆被围困一年以后，太平军终于投降。接受投降的指挥官在日记上写道：他请示了他的长官曾国荃（曾国藩的兄弟），曾说：〃 ‘凶狠的叛兵太多了！我们怎么处理他们呀？’我答道：‘最好是屠杀。’曾说：‘就是屠杀也须想个什么办法。’我回答说：‘营房门慢慢地打开，叫叛匪一次进来10 个，这样半天都可以杀完。’曾说：‘这个，我实在不忍心，可是你就这么办吧。’我就做了准备。从早7 时到晚7 时，一万多叛兵都被杀死了。然后我去汇报了。”（当然，“一万”表示很多很多。即使以令人难以相信的速率，一分钟杀死10 个叛兵，而且只能用手，没有现代化的机关枪之类，12 个小时内也只能杀死7200 人。）当曾国荃写信报告担任总司令的曾国藩表示懊悔时，曾国藩这个典型的儒家完人回信道：“你统军打仗，杀贼是你的使命，杀多了有何懊悔？〃
这种情景在当时是经常发生的事，因而估计太平天国战争期间中国人口减少2000万是不过分的。洪秀全病死后不久，天国败亡，南京陷落。遭受大肆掳掠之后，长江下游各省经过3O 年之久才复苏。
太平天国起义只是那个时期最大、最著名的反叛运动。厦门和上海也有秘密会社，另外还有攻击广州的事，所谓捻匪在北方造成恐怖，云南、陕西、甘肃的回族汉人纷纷揭竿而起，贵州则有苗族人起义。千百万无辜人民惨遭杀戮，战火蔓延至不可收拾。人们估计，1850 年中国人口约为4 。 1 亿，在太平天国起义，捻军、回民和其他小的叛乱之后，到1873 年大约减少到3 。 5 亿。
这样，西方炮舰对中国的侵扰，甚至于1860年英法联军攻占北京，和19 世纪中期席卷主要各省的战乱比较起来，不过是短暂、小规模的和次等的灾害而已。在中国新的通商口岸获取了特殊权益的欧洲人和美洲人只处于这个社会大混乱的边缘，而不是它的创造者；对某些中国人说，它们代表一种新秩序和新机会，但对大多数人说，它们是不重要的。
太平军没有能使中国按照他们的古怪方式基督教化，这一点不应使我们同意那种陈腐的老生常谈，以为中国人从来不能接受外国宗教。事实远非如此。佛教在公元一二世纪初期征服中国和基督教在西方的崛起，是同一个时期的事。两者都同样被说成是“野蛮和宗教”的结合（用E ．吉本的话说），它们分别取代了汉朝和早期的罗马帝国。佛教在中国的历史，自4 世纪中叶至8 世纪末，经历了佛教在宫廷享有尊崇地位和印度佛教经义得到普遍的汉化，以致形成独特的中国佛教的过程。在这个过程中佛教繁衍成五六种中国的宗派，同时还出现了大批寺院，这些寺院很快变成大土地所有者并且成为中国国家财政管理上的一大棘手问题。可是当欧洲分裂为新的民族如法兰西、西班牙、英格兰时，在中国，唐朝（618…907年）却重