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曹氏被迫退居深宫，赵曙正式亲政，怪圈打破，避免了两人关系进一步恶化的危险，赵曙紧接着把曹氏的住所定名为慈寿宫，意思是希望这位慈爱的母后能够永远长寿，并且把曹氏的弟弟已官任宣徵北院使、保平节度使的曹佾，加封为同平章事兼中书令，使他享有“使相”这一极其荣耀的官衔。可是长期形成的感情裂痕仅靠这一二个虚名是不能完全弥合的。事实上，赵曙仍对曹氏心存余恨，就连曹氏所应享受的物质待遇，他都要施加这样那样的限制。在此之前，皇太后若需要什么物品，包括日用器具，只须凭事先加盖了皇帝御用之宝的空白文书直接到诸司库务索要，诸司库务就会立即供应，过后再由三司复奏皇帝就可以了。但如今临到曹氏时，赵曙却偏偏明文规定，必须首先由曹氏宫中的使臣把她需要的物品项目记录下来，送到有关诸司库务，再由这些部门另外书写榜文奏报皇帝，等到皇帝同意，盖上御宝之后，才可供应实物，平白使手续变得繁琐起来。这条规定虽经司马光上书反对，但赵曙一直维持不改。事实证明曹氏以往的担心不是没有道理的，凡此种种不能不使她更加愤懑心烦。两人的感情依旧冰冻三尺，碰到一些重大问题时，还会很自然地出现新的裂痕。
赵曙是作为赵祯的过继儿子被立为皇子的，论理只有赵祯和曹氏才是他的皇父母，而对于他的生父淄安朗王赵允让，只能按宗族辈分称皇伯。然而对赵曙来说，真正有感情的还是其亲生父母，他认为自己当了皇帝，就该父因子贵，生父不应仍然处在皇伯和王的地位上。治平二年（1065年）四月，诏令礼官及待制以上的官员讨论应如何尊奉淄王。此诏一下，朝廷之上立刻纷争鼎沸，掀起了一场轰动一时的政治风波。宰执大臣韩琦、欧阳修认为自古无称父为伯之理，赵允让应称“皇考”，持此观点的人我们可称之为“皇考派”；司马光、王珪等人则以“为人后者为人子，不得顾私亲”为理由，认为赵允让只能称“皇伯”，形成了“皇伯派”。两派争论激烈，声震九重。曹氏闻知，也坐不住了，她想：称赵允让为皇考，这不是明摆着要排斥先帝和我独一无二的地位吗？果真这样，那自己更无容身之处了，是可忍孰不可忍！她当即写了一封手书，痛斥韩琦、欧阳修。太后的懿旨毕竟还是有相当分量的，赵曙迫于压力，只得宣布暂停讨论。
当曹氏与赵曙的关系雪上加霜的时候，曹氏与赵顼之间却嫌隙尽释，春风和煦。在受到韩维教训之后，赵顼就经常到慈寿宫看望曹氏，也许只有在这时，慈爱的微笑才会回到曹氏的脸上。一次，赵顼身着全副盔甲，英姿飒爽来到慈寿宫，问曹氏：“娘娘，我穿这副盔甲好不？”曹氏笑着说：“你穿戎装确实好看，可是，假若连你都要披挂上阵，那国家岂不危险了吗？”赵顼乖乖地把盔甲脱下，祖孙俩又有说有笑谈起了别的。
公元1067年，即治平四年正月初八日，赵曙因病逝世，20岁的赵顼继位，是为神宗。孙儿当皇帝，曹氏得到的不仅仅是地位更加崇高，更重要的是心境出现了根本性的好转。初十日，她被尊为太皇太后，居住的慈寿宫也改名为庆寿宫。赵顼仿佛是在用自己的温情去弥补父亲的冷漠似的，对待曹氏极其孝敬，凡是能让曹氏愉悦的事，他无所不做。曹氏对赵顼的慈爱也是无微不至，有时赵顼退朝稍晚，她都要站在寝宫门外等候，甚至亲手端饭给赵顼吃。有一年清明节，赵顼陪曹氏闲聊，偶尔说起好像无人能制做珠子鞍辔了。赵顼虽是言者无意，曹氏却铭记在心，不几天就私下令人绘成图样，从内库中要来一副玉饰鞍辔送到后苑加工，装饰上珠玑，送给了赵顼。赵顼非常感动，立即唤人牵来心爱的坐骑小乌马，在福宁殿前亲试。为了答谢曹氏，他亲手设计了一乘小轿，制做得极其精致小巧，通体用珠玉黄金装饰，进呈给曹氏说：“娘娘试乘此小轿，去凉殿散心。”
于是载着曹氏前往凉殿，他与高太后步行着搀扶左右，曹氏下轿后，感慨万千，动情地说：“官家、太后亲自扶辇，当初我在曹家做女儿时，哪敢想到会有今天的盛事！”满面春风，心里比炎热的天气还要温暖。她去世后，大臣王存献的挽词中说的“珠镕锡御恩犹在，玉辇空扶事已空”，就是指的这两件事。
按照宋朝传统的礼制，外戚家的男子是不能进内宫谒见太后或者皇后的，随着曹氏年事日高，她的弟弟曹佾也成了老人，赵顼多次提出让曹佾进宫与曹氏叙叙亲情，曹氏都不肯答应。一天，曹佾向赵顼奏事，赵顼又提出这一要求，曹氏才勉强应允，赵顼便领着曹佾来到了庆寿宫。陪着坐了一会儿，寒暄几句，赵顼想让他姐弟俩单独在一块好好聊聊，便先站起身来，曹氏却对曹佾说：“这不是你应该逗留的地方。”忙不迭地把他打发出去。曹氏这样做并不是不念弟弟的亲情，而是不想让自己破坏祖宗确立的任何一项规矩。正由于她始终抱定“祖宗之法不可轻改”的政治信条，也就决定了她对赵顼的所作所为并不是事事都满意、时时都愉悦的。
年轻的赵顼在渴望改革方面比父亲赵曙气性更急，当皇子时，他就多次与老师韩维等人谈论天下大事和变法图强、改变国家贫弱不振局面的抱负，即位不久就着手裁减宗室冗费，开始了局部的改革，熙宁二年（1069年）任命享有盛名的变法派大臣王安石为参知政事，翌年升为宰相。在熙宁二年至元丰八年（1085年）这16年间，赵顼和王安石对财政、经济、军事和官僚机构诸方面，进行了全面的整顿和改革，展开了一场轰轰烈烈的变法运动。与历史上的所有改革一样，这次变法也不是一帆风顺而是在惊涛骇浪冲击下进行的。自改革之日起，主张和支持变法者形成了以王安石为首的变法派，史册上称之为“新党”；反对改革者则结合成反变法派，亦即史册上所谓的“旧党”。在熙宁二年至九年（1076年）王安石主持变法期间，新旧两党围绕青苗法、募役法、市易法等，先后掀起了两次斗争浪潮，变法派虽然勉强挡住了反对派的猛烈进攻，维持了改革的继续进行，但力量却遭到严重削弱，使得王安石两次被罢相，最终离开了朝廷。而每次惊心动魄的斗争浪潮中，无不闪现曹氏的身影。
对于变法，曹氏早就打心眼里不赞成，但或许一则由于赵顼待她孝敬备至，使她不忍心轻易撕破两人间的脉脉温情；二则由于对以往的不幸经历记忆犹新，创伤未复，担心在新的一轮政治斗争中再次遭到朝臣的暗算，所以在变法开始的几年里，她并没有将不赞成的态度公开表露出来。然而曹氏终归是曹氏，敢做敢为、勇于谏诤的性格，决定了她是不会对身边发生的剧变漠然处之、不闻不问的。当变法的深入开展激起了旧党们愈益激烈的反对的时候，特别是变法触犯了与她保持千丝万缕联系的豪强和贵族世家们的切身利益的时候，她便本能地卷入了斗争的漩涡，扮演了兴风作浪、推波助澜的角色。
公元1071年，即熙宁四年九月，朝廷举行祭祀明堂大典。这种活动旧例是要实行大赦的，前几天，赵顼与赵颢来见曹氏，曹氏说：“天气晴和，在这样的好日子里举行典礼，真是大庆。”赵顼说：“确实。”曹氏突然话题一转说：“我当年若听说民间有什么疾苦，必定告诉仁宗，仁宗常乘大赦之机落实，今天也应该这样。”赵顼说：“现在民间倒没有什么疾苦。”曹氏说：“怎么没有？我就听说百姓苦于青苗、助役钱，何不趁大赦之际罢去？”赵顼回答：“这是为了利民，不是困苦他们。”曹氏不甘心，又把矛头指向了王安石，企图采取釜底抽薪的办法达到废除新法的目的，便说：“王安石诚然有才学，但怨恨他的人很多，官家若真想保全他，不如暂时把他放为外任，可以过两年再召回来嘛。”赵顼说：“群臣之中，只有王安石能挺身为国，这样的人十分难得，怎好赶他出朝？”赵颢从旁插话：“太皇太后说的都是至理名言，陛下不可不思。”方才与曹氏应答之间，赵顼就已寸步不让，只因碍于情面，不好过分顶撞曹氏，眼下弟弟又来帮腔，他便再也憋不住了，向着赵颢勃然怒道：“难道是我坏了天下吗？你来管吧！”赵颢吓得眼泪都流了出来，委屈地说：“何至于这样说呢？”曹氏碰了一鼻子灰，更是满脸的不自在，三个人不欢而散。
新党在第一个回合的斗争中取得胜利之后，在商业领域里实行了市易法，即由政府出资在汴京等城市设置市易司，大量收储各种滞销货物，待市场短缺时赊销给商人贩卖，一年后加息二分收回贷款。同时，取消首都汴京原先实行的宫廷及官府所需物品、人工都向各工商业行户勒派的办法，改为工商业行户根据获利多少按月或按季缴纳“�