氏的势力范围内较为流行，在大内的势力范围内，仍然是以征收抽分税为主。
其次，勘合贸易船的乘员结构，大致上分为下列三个部分。
官方人员：正使、副使、纲司、居座、士官、从僧、通事、总船头，分乘各号船，平均每船约为六、七人，而正使所在的一号船约为十五人。这些人由幕府、大武士、大寺院等派出，而充任正使者，几乎都是京都五山各大寺的名僧。正使由将军任命，持国书、别幅、贡物明细单，乘一号船。至明后，统率全体成员作为日本国王（将军）的代表，在奉天殿陛见明帝，呈表文，进贡品，参与商品的议价、组织贸易以及与明政府交涉等活动。正使以下管理准许携带仆人一到十人。一号船官吏多，仆人多，大体在六十人左右，二、三号船将减少半数。此外都是招揽来的商人，约在三十到五十人左右，其余均为“船方”。这样每条船平均在百人上下，一号船通常为大船，可乘坐一百八十到二百人。
居座（僧人）和士官（俗人）是勘合贸易船的实际管理者。按规定每船二人，但他们大多是大武士的代表或家臣，该船合股的大武士多，这类官吏就多。多于规定名额的叫做“外官”。这些人可以招揽商人并从商人的交易额中提取分成。
从僧，是跟随正使的僧人，但不是仆从关系，他们大多代表正使办理事务，类似秘书的职务，有时与正使为师生关系。因此地位较高。成化十九年（公元1483年）正使子朔周韦圆寂后，就是其弟子从僧圭莆周章代理正使归国。
通事，各船二名，大多为加入日本籍的汉族人，他们由幕府支给薪俸，充作翻译。例如曲祥，原为明永平人，十四岁其父为金山百户，后被倭寇掠去日本，出卖为奴。偶因机遇被义满将军召去当翻译，更名元贵，取妻生子。宣德年间随勘合贸易船来明，上表陈情，回金山探母。宣宗曾手谕义满，令善视之。后又入明，得宣宗诏许，归里养母。
客商和从商人。客商又叫客人众。他们是勘合贸易的组织者、官吏招揽来参加勘合贸易的商人，在勘合中记载他们的人数和货物，具有正式贸易团员的身份。他们每人可以招揽二名商人，叫从商人。从商人的货物算在客商股份内，给客商以十一抽分。从商人教多，一些关原的仆从可以由从商人充当，船头可以招揽从商人或以从商人担任船方各种职务。从商人和客商越多，则该船关原和回国后征收的十一税就越多。从这一结构可以了解勘合贸易的实际内容。
最后，是勘合贸易中进贡货物的筹措。向明帝进贡的货物，最初大部分是从将军府库藏中拨出，一部分特产如硫磺、铜等，由拥有该特产的大武士守护大名等提供，而且大体上是无偿提供。后来将军经济势力削弱筹措不出，便由各大武士提供。如应仁二年（公元1468年）的进贡中，土歧氏提供铠一领，三宝院提供三对屏风，斯波、细川、山名等各提供马一匹。玛瑙由五山各寺提供十二快，加贺守护提供五块。硫磺由大友氏和岛津共提供四万斤，一万斤为贡品，三万斤为给价贸易品。这些货物都装在一号船内。后期，幕府无力经营勘合贸易船时，那一家经营一号船，他就要负责经营进贡品。将军的附载品给价贸易品也大体上如上所述。但后期将军无权时，有的大名就不愿意提供了。
凡例：景泰四年东洋允澎贸易团
勘合贸易获利巨大，因而将军、各大武士、社寺僧人、博多、界各地商人，都把这种贸易视作发财的大好机会，想方设法地加入贸易团。所以，勘合贸易团的成员人数越来越庞大，景泰四年（公元1453年）由东洋允澎率领的勘合贸易团是最大的一次。船十只，人数近一千二百余人，所携带的货物数量也是空前的。其货物数量为硫磺三十六万四千四百斤、苏木一十万六千斤、生红铜一十五万二千斤、长刀四百一十七把、刀九千四百八十三把；其余纸扇、箱盒等物数量较以前增加数十倍。明政府官吏很清楚，数量之所以骤增，是因为“旧日获利而去，故今倍利而来。”货物数量如此增加，如按往年旧例给价，则只附载商品中大宗货物的价格已达六十一万五千余贯。除去折绢、布款额外，给铜钱部分的款额为二十一万七千七百余贯。如果再加上回赐部分的价格，以及宁波、北京各市场交易的价格，则此次勘合贸易所带走的铜钱额，将是非常巨大的。所以，礼部奏明景宗予以大幅度地削价。削价后的给价仍高于日本市场价格：
苏木，每斤银七分，即铜钱七十文，合七千四百二十贯。
铜，每斤银六分，合铜钱六十文，九千一百二十贯。
硫磺，每斤银五分，合铜钱五十文，一万八千二百二十贯。
刀剑，每把钞六贯，计五万九千四百贯。
加上其余货物款额合计钞、铜钱为九万五千九百九十八贯。其中铜钱占半数强，为五万一百一十八贯；折绢二百二十九匹，抵钞二万二千九百三十贯；折布四百五十九匹，抵钞二万二千九百五十贯。
尽管明政府所给的价格高于日本市场，但日使团嫌低于以往价格，由正使东洋允澎出面力争，甚至说如果不按宣德八年例给价，回国后将受国王的诛戮，表示不如所请便不归国。明政府在东洋允澎的强硬力争之下，又增给铜钱一万贯，绢五百匹，抵钞五万贯，布一千匹，抵钞五万贯。
二．私商贸易（后期）
明日间的私商贸易是从元末延续下来的，明初虽然一再颁布禁海令，但明日问私商贸易一直在秘密进行。规劝义满将军与明建立外交贸易关系的肥富，就是在私商贸易中获取巨大利润的博多商人。不过，这种私商贸易的规模不大，人数也不多。在明日建立外交贸易关系后，私商贸易依然没有中止，在明史籍中一再出现无国书、勘合的日本进贡船不准进港的记载，就是最确凿的证明。由于两国间存在着官方贸易关系，所以私商贸易的规模也无大发展。嘉靖时代后期，明日双方勘合贸易停止后，私商贸易骤然增加。
嘉靖二十三年（公元1544年）日本种子岛商人驾船二只、一百五十八人，在僧人寿光的率领下，至宁波要求贸易。明以不到贡期且无国书不准入港，寿光便率船驶向定海外海双屿岛。这时双屿岛的情况是：
“双屿货蜜，而日本贡使适至。海商遂贩货以随售，情倭以自防，官司禁之弗得。而西洋舶原回私涣，东洋舶遍布海洋。而向之商舶悉变而为寇舶矣。”（《皇明世宗实录》，嘉靖23年8月、24年4月条。）
双屿岛已成为明私商与南洋各地、日本以及葡萄牙等商人的秘密贸易中心。寿光船驶进双屿，明商船立即尾随而来与之贸易。明沿海防倭哨所未曾认真禁止，因而巡按浙江都御史高节奏请世宗治其失职之罪。嘉靖二十四年（公元1545年）肥后商人，二十五年（公元1546年）丰后商人等亦自称进贡船，要求入港贸易。明宁波有司以同样理由不准其入港，他们也同寿光一样，在明沿海进行走私负易。这时，由于倭寇猖獗，日本商舶大部分有变为寇舶的行为，因此，明政府已把私商贸易看作倭寇侵掠的组成部分，取缔转厉。
为了制止日益猖撅的倭寇侵掠活动，浙江总督杨宣奏请世宗，派郑舜功赴日进行交涉。嘉靖三十四年（公元1555年）夏，郑舜功从广东经大小琉球至九州的丰后，并在这里派出从事官沈孟纲、胡福宁等去幕府交涉制止倭患问题。然而，这时日本国内战乱频仍，将军早巳丧失控制全国的能力，无力制止倭寇。郑舜功不得已回国。北九州的大武士大友义镇为了发展对明贸易，曾派僧清授随郑舜功至明，表示奉明国典，制止倭寇，但要求给与助合准予贸易。明政府末准其请。不久，胡宗宪督浙，又派蒋洲赴日交涉。蒋洲于嘉靖三十六年（公元1557年）至北九州，恰值大友义镇与大内义长间爆发战争，不得进京，滞留北九州近二年，无奈回国。胡宗宪据蒋洲的汇报上世宗奏疏：
“洲奉使宣偷日本，已历二载，乃所宣喻止及丰后、山口。丰后虽有进贡使物，而实无印信勘合；山口虽有金印回文，而又非国王名称。是洲不晴国体，罪无所追。但义长等既以进贡为名，又送还被掳人口，其有畏罪乞恩之意。宜量犒其使以礼遣回。今传渝义镇、义长，转渝日本国王，将倡乱各倭立法铃制，匀引内寇一并缚献，始见忠款，方许请贡。”：（《皇明世宗实录》，嘉靖38年8月甲辰。《正气堂集》，卷9，议处日本贡夷。）
蒋洲所见，足以证明，日本国内战乱，互不统属，难以组成统一的勘合贸易团赴明进贡贸易。各个有势力的大武士在倭寇活动之外，常派出各自的商船赴明贸易，而这种商船与倭寇船很难区分，因而屡被明沿海哨所当作候寇船予以追击。嘉靖三十七年（公元1558年）大内氏曾浓僧人龙喜率船赴明贸易，改至明近海，因无国书被明巡缉哨船误作倭寇船予以打击，该船逃回本国。由于明日间得到许可的非官方贸易从未发展起来，因而私商秘密贸易，就成为官方贸易中断后惟一存在的贸易形式。
在日本私商赴明贸易的同时，明商船开始赴日贸易。赴日贸易的明商主要是闽、浙一带的海商。早在陈侃赴琉球时，其随从自琉球就了解到，与日本互市可获巨利。自是，闽人首先驾船载货赴日贸易，其后，广东揭阳县大家井人郭朝卿乘船赴漳、泉贩稻，因风漂至日本，发生贸易往来。总之，自嘉靖时代中期以后，明私商赴日贸易逐渐增多。日本天文十年（公元1541年）七月明船载货及二百八十余人至丰后神宫寺，天文十二年（公元1543年）八月明船五只至日，天文十五年（公元1546年）明船至佐伯之浦，永禄年间明船数至日本。天正三年（公元1575年）明、船停泊四柠之浦，所载商品有虎四只、象一只、孔雀、鹦鹉、麝香以及名人书画、续、罗、