、培养霍乱菌的蛋白质和水溶液制作法等实习课。细菌检查法侧重于霍乱菌检查法；九八式卫生滤水机使用、分解法；细菌污染地带给水法、净水剂使用法。2350部队还派员到北平1855部队学习培训。同时增调人员，添置细菌战必需的器材和试剂。
日军战役准备的重点是部队的防疫和霍乱感染者的检验。当时，日军对它制造的病菌所引发的疾病均能救治，但是数万部队在霍乱盛发区作战，一旦传染开来，后果自然是严重的。为此，日军下大力气加强自身的防疫工作。日军高层长官为了蒙蔽参战官兵，宣称“鲁西的支那人有霍乱疑似患者”，为防止感染，全军要进行防疫准备。他们命令部队进入疫区后不吃生食物；饮用水必须经九八式卫生滤水机过滤除菌（该滤水机为石井四郎发明，正是由此滤水机才使他成为日本细菌学的鼻祖，也使他登上日军细菌部队最高“宝座”——关东军731部队部队长）；不准在霍乱患者房屋宿营；不准使用疫区厕所，自造地坑式厕所，大小便及时掩埋；反复进行大便检验演习，以便及时发现霍乱患者。这次“霍乱作战”发起前夕，日军所有参战部队都注射了预防霍乱接种液，分发了预防感染药物。
随着战期临近，日军加紧了战前的准备工作。第五十九师团情报班长吉信雅之中尉和伍长岩切辰哉，通过驻临清县的第五十三旅团第四十四大队，侦察鲁西北八路军兵力部署。师团工兵队山下守邦少尉率部侦察卫河临清至馆陶段水深、流量、河宽和地质情况，编制了作战用的兵要地志。第五十三旅团情报主任难波博侦察决堤最佳位置。参加“扫荡”的部队则从夏天起就频繁调动，修补道路、桥梁，囤聚粮草，派遣大批特务潜入抗日根据地侦察、破坏，四处散布谣言。
当时，八路军冀鲁豫军区司令员杨得志、政委兼区党委书记黄敬，对日军进行大规模霍乱作战的阴谋一无所知，但却掌握了日军秋季大“扫荡”的情报。他们于1943年9月1日向全区发出《关于准备反“扫荡”的指示》，号召全体军民总动员，紧急备战，主力部队有计划地转到外线，向敌人薄弱部位出击，威胁其后方；留少量兵力在中心区，会同地方武装坚持斗争。
就在这时，持续几年大旱的鲁西北普降大雨，且连绵不断，卫河水迅猛上涨，冈村宁次和石井四郎趁机下令发起“十八秋鲁西作战”。日军航空兵、步骑兵向卫河及鲁西北各县撒放了大量的霍乱菌。日军第五十九师团2350部队制造细菌的曹长林茂美供述道：“我们师团防疫给水班于1943年8月至9月间，在山东省馆陶、南馆陶、临清等地散布过一次霍乱菌。……我参加了这次散布。细菌是由我交给第四十四大队军医中尉柿添忍，再派人散布的。”随即，第五十九师团长细川忠康命令第五十三旅团第四十四大队决卫河堤放水。
第四十四大队大队长广濑善利决定兵分三路决堤。8月27日，广濑率驻临清县城的第五中队、机关枪中队各一个小队共60人，抵达县城附近的小焦家庄卫河西岸。第五中队中队长中村隆次、机关枪中队中队长久保川助作、重机枪小队小队长小岛隆男等7人决堤，其他人分散警戒。附近村民听说日军要决堤，大吃一惊，纷纷赶来哀求日军住手，但均被日军铁锹砍翻。小岛隆男野兽般吼道：“滚开！谁的捣乱，统统枪毙！”就在村民与日军厮打之时，水流湍急的弯曲处已被掘开半米宽、半米深、5米长的口子，汹涌的洪水向西岸堤下一泻而下，转眼间堤坝即被冲垮150多米。河水咆哮着向前奔涌，流速迅疾，浪头很大，人们根本无法逃避。正在临清旧城门玩耍的5名儿童，一齐惊呼妈妈，旋即被洪水吞噬。从村中逃出的一群群背负包裹的老人、妇女、儿童，被洪水追逐得走投无路，一会儿即葬身大水之中。田地里待收割的谷子转眼就不见了，正在地里干活的一群年轻人被淹死。爬到树上和房顶上的人也下不来了。驻武城县二十里铺的日军一个分遣队，因这次作战保密程度极高，决堤放水事先未给他们通知，以致洪水到来他们逃避不及，全部被淹死。临清、馆陶、武城、丘县等县成为一片汪洋，遭灾总面积达960平方公里，40万吨农作物被淹没，6000户房屋被冲倒，因霍乱、水淹、饥饿死亡32300多人。这些数字是事后由日军第四十四大队调查得到的。
日军第四十四大队第三中队中队长蓬尾又一率部将临清县尖冢镇附近的卫河北堤决开，结果使临清河西地区，曲周、丘县、威县、清河4县各一部，共约900平方公里的地域淹没，受灾居民45万人，因霍乱、水淹、饥饿死亡22500人。这是由当时传令广濑善利决堤，以后被俘的日军第五十九师团第五十三旅团情报主任难波博供述的。他还交代说：“大水袭击了馆陶、临清、曲周、丘县、武城、清河、威县等7个县，使100万无辜的人妻离子散、家破人亡。”“洪水过了一个月才慢慢退下去，富饶美丽的卫河左岸已经变成了人间地狱！”
第四十四大队第二中队中队长福田武志于8月29日率小队长岩田和夫等30人，由驻地南馆陶出发，抵达南馆陶以北5公里的拐弯处，将卫河北堤决开4米长的口子，洪水淹没了南馆陶方向长16公里、宽4公里的地方，有48800多名老百姓罹病，其中因霍乱、水淹、饥饿死亡4500多人。这是由参加决堤的第一小队第二分队队员、一等兵大石熊二郎于1954年主动交代的。
经日军陆空撒放和卫河决堤放水扩散，霍乱菌在鲁西北18县及冀南大名、曲周、永年、鸡泽、威县、清河等县猛烈蔓延开来。患者剧烈呕吐排泻，排出的大便成米汤状，严重脱水，骨瘦如柴，衰弱至极，几天后即死去。而且传染迅速，一人得病，全家甚至四邻都难以幸免，老百姓一批一批悲惨地死去。当时正在冠县大里村的冀南区妇女干部（原鲁西专区抗联妇女部副部长）黑若仙也染上霍乱，吐泻不止，肠胃剧痛，一直闹到次日清晨，心脏停止了跳动。
正当鲁西北霍乱盛发之时，1943年9月中旬，参加“十八秋鲁西作战”和秋季大“扫荡”的日军，同时向冀鲁豫边区和冀南抗日根据地扑来。他们既有配合，又各有侧重。前者重在“讨伐”八路军和少量抗日的国民党地方武装，攻击居民村落，迫使霍乱病人四处逃难，进一步扩散细菌，更多地杀害中国人民；调查中国人被霍乱菌杀害情况，进行自身“抵制试验”；抢掠粮食、棉花及其他物资。后者主要是“合击”围歼八路军有生力量，破坏根据地，同时抢掠秋粮。日军还打出旗号：“鲁西支那人患了传染性霍乱，皇军帮助支那人扑灭霍乱，拯救支那人。”
下面，让我们跟着进入鲁西北疫区的日军，看看霍乱区的悲惨情景吧：
日军曹长林茂美奉第五十九师团师团长细川忠康命令，率部到霍乱初发地南馆陶某村调查，在10户农民家中发现20名中年男女感染上了霍乱，患者痛苦万分，惨状目不忍睹。林茂美等对南馆陶霍乱疑似患者进行采便检查，结果全部为霍乱阳性菌。在临清县，林茂美调查了20户居民，发现了30名中年男女患者。他们连吐加泻，身体极度虚弱，因无法得到治疗，将很快死去。第五十九师团工兵队山下守邦少尉，在临清县城目睹一位55岁的中国农民染上霍乱死去。第四十四大队一名叫宫本升的日军在驻地高村附近，亲眼看着5名汉奸死掉；他随队到聊城县梁水镇，又目睹一位35岁的农民死去。在临清留守的第四十四大队步兵炮中队值班士官矢崎贤三，听一位中国农民说“有30多个老百姓患了霍乱”。大队长广濑善利率部到聊城、堂邑、馆陶、临清各县进行细菌战，在梁水镇附近发现了大批中国人霍乱患者和死者。重机枪小队小队长小岛隆男曾亲眼看到40具中国中年男女因霍乱死去的尸体，还有两名患者。他的一名部下也在沿途看见60多具尸体和40多名患者。
日军第五十九师团特别训练队医务室伍长、“防疫本部”联络系下士官片桐济三郎，在向师团参谋长江田稔的汇报中说：自9月25日至10月7日，丘县发现700多名霍乱患者，馆陶发现1003名。第四十四大队军医柿添忍说，他在南馆陶检查的100名中国人全部患了霍乱。在聊城、堂邑、馆陶、临清等县的“讨伐”中，柿添忍作为大队部军医，总是走在部队前面，以便了解中国人死亡情况。他在交代材料中说：“这一带地区无论走到哪个村子，都在流行霍乱，都有霍乱患者和死者，就连宿营的地方也找不到！”由此可见，第四十四大队足迹所至，已全部成为霍乱爆发区，老百姓死亡之众可想而知。
参加“十八秋鲁西作战”的日军在疫区寻歼八路军主力部队，但冀鲁豫军区部队早已转到外线，不见踪影了。日军找不到对手八路军，就专门袭击村庄，迫使、驱赶霍乱病患者到处逃亡，使瘟疫进一步扩散。
进行大“扫荡”的日军，先后“扫荡”了冀鲁豫边区和冀南。冀鲁豫第五军分区司令员朱程、晋冀鲁豫边区第二十二专署专员袁复荣、冀南第七地委书记兼第七军分区政委萧永智、冀南第四军分区政治部主任袁鸿化等大批人员牺牲。从9月下旬到10月上旬，参加“十八秋鲁西作战”的日军，对疫区进行第二期“讨伐”。第四十四大队继续在聊城、堂邑、馆陶、临清、冠县等地活动。已结束“抵制试验”的第五十四旅团坂本甲支队，攻击在莘县、范县、濮县、观城、大名等县活动的八路军，并抢掠粮草2000吨。
日军经过疫区3期“讨伐”和秋季大“扫荡”作战，霍乱在鲁西北和冀南部分县普遍蔓延，大量的中国人死亡。据日本细菌战犯交代，从8月下旬至10月下旬，仅鲁西北18县就死亡20万人以上（《日本帝国主义侵华档案资料选编�