、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林等十七卫亲军指挥使司，相应地还废除了诸将因袭元朝旧制的枢密、平章、元帅等称号，而是按照所率兵马的数量，五千人称为“指挥”、一千人称为“千户”、一百人称为“百户”、五十人称为“总旗”、十人为一个小旗。
在朱元璋正式称帝建立明朝之后，又把这一军制推广到全国各个地方，按照全国郡县划分军区，大致类似于今天的北京、沈阳、济南等各大军区。五千六百人以上的军区称为“卫”、一千二百人以上的称为“千户所”，一百二十人以上的称为“百户所”——这一制度就是为我们熟知的明朝军队的卫所制度。
回到中央，明朝军队最高指挥机构是前面说过的大都督府，由最高长官大都督总领天下诸军事，这天下诸军事不光是对外征战，还包括皇帝身边的护卫亲军——拱卫司。
明初，皇宫的守卫任务由拱卫司担当，虽然亲近皇帝，但实际官职却很低，长官只有正七品而已。拱卫司的人选也都是由大都督府选派，整天在皇帝身边晃来晃去的人，自然要求很高，身高、样貌、体能、头脑一点都不能少。但朱元璋对于这样的拱卫司并不满意，一来拱卫司原本属于中书省管——可见明初中书省管辖之宽，后来转到大都督府下边，只不过转来转去总不是在朱元璋自己手里；二来正七品的官职相对于皇帝亲军的名号来说，也实在太寒酸了些。
于是洪武三年大封功臣的同时，朱元璋也对拱卫司进行了改制——他把拱卫司从大都督府的管辖下独立出来，改组成为亲军都尉府，指挥使品秩正三品——不但规格提高了不少，人数上也增加了不少——下辖左、右、中、前、后五军，统称为“侍卫亲军”，专门负责皇城的守卫工作。
此外新设了一个仪鸾司，长官品级为正五品。这仪鸾司真真正正是锦衣卫的前身了，它的职责很大部分后来由锦衣卫继承下来且并发扬光大。
仪鸾司，顾名思义，除了护卫皇帝外，很重要的一个职责就是皇帝出行和朝会时负责仪銮掌管卤簿仪仗——说白了，就是三军仪仗队，是国家和军队的脸面所在。入选的校尉都是功勋贵戚家的子弟，功臣子弟们这时正是风华正茂，意气风发的年纪，在日渐衰老的皇帝身边执行守卫工作，既是对功臣家族的肯定，也是接近皇帝的好机会，因此，仪鸾司的校尉虽然品级不高，但却是十分显贵的职务。
自然，这么冠冕堂皇的仪鸾司，职责和我们所知道的锦衣卫相差太多了。锦衣卫，在往后大多数人心目中，是黑暗的代名词。残忍、狡诈、无限的侦查手段、无端的诬陷罪名才是锦衣卫的真实表现。但事实往往如此，表面的光鲜是真，私底下的凶残也是真。
于是，仪鸾司堂而皇之的表面文章就被锦衣卫继承下来。
洪武十五年四月，锦衣卫成立。在史书中记载，锦衣卫掌侍卫、缉捕、刑狱之事。
锦衣卫挂牌（5）
表面上，锦衣卫的成员多为恩荫寄禄，没有固定的人数，就是给功臣子弟一个做官拿俸的出路而已。
遥想大朝会之时，天色朦胧，雾霭氤醺中，身着飞鱼服，腰配绣春刀的“大汉将军”一千多人鱼贯而出，手执銮舆、擎盖、扇手、旌节、幡幢、班剑、斧钺、戈戟、弓矢……威武庄严，莫过于此。这些所谓的“大汉将军”，就是锦衣卫的属下，自然是表面风光的那一部分，在锦衣卫的设置中，有御椅、扇手、擎盖、幡幢、斧钺、鸾舆、驯马等七个部门，他们负责锦衣卫职责里“侍卫”的那一块内容。
而朱元璋的检校们掌握的是“缉捕、刑狱”这两块。锦衣卫还设有经历司，掌管文书出入；镇抚司，“掌本卫刑名，兼理军匠”。
名义上锦衣卫应该只管“本卫”的刑名，其他军队系统的只是兼理而已，更谈不上外廷的刑狱之事了。但在锦衣卫的历史中，“本卫”两个字从一开始就被扔在文件纸面上，朱元璋建立锦衣卫，要对付的正是外廷。
锦衣卫的第一任指挥使在历史上没有明文记载，不过综合各种蛛丝马迹来看，曾经是检校成员的毛骧可能就是锦衣卫的第一任指挥使。毛骧很早就跟随朱元璋，在明朝建立之前就已经是检校的一员，既有丰富的工作经验又深得朱元璋的信任。
毛骧带领锦衣卫要做的第一件事，就是替朱元璋找到屠杀大臣的理由。这理由在毛骧看来，其实很好找，就两个字——谋反。和谁谋反呢？和胡惟庸。
以锦衣卫之能，想要找出些证据来证明胡惟庸谋反是很容易的事情，胡惟庸虽然已经死了好几年了，但在朝廷中有不少和他有瓜葛的大臣，栽赃栽到死人头上，他们更是无从辩解，正好一网打尽。
于是，经过几年的蛰伏，洪武十八年（1385年）起，原本早已尘埃落定的胡惟庸案再起波澜，性质也从普通的“擅权枉法”变成了十恶不赦之首的“图谋造反”。从洪武十八年到洪武二十三年（1390年），短短五年的时间，被胡惟庸案牵扯进的功臣有一公、二十侯，连坐、死罪、黥面、流放的有数万人之多，朝中文臣几乎为之一空。
而为这个案子流出最后的血的，正是李善长。
从最早汪广洋弹劾李善长开始，就一直有人在为扳倒李善长这棵参天大树而努力，但直到这棵大树的所有树杈都被砍掉的时候，大树本身才轰然而倒——洪武二十三年，七十七岁的李善长被朱元璋以身为“元勋国戚，知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道”的罪名下了狱。李善长的罪名在别的功臣身上早就死过无数回了，毕竟这时的朱元璋已经杀红了眼，只是面对李善长的时候，朱元璋脑中还有一丝清明。这些年来，马皇后死了、徐达死了、太子朱标死了、太子的老师宋濂也死了，和自己亲近的人一个个离开了自己，现在还活着的人里，能够和自己一起回忆过去的就只有李善长了。李善长的身体一向不好，他为什么不像徐达那样干脆早早病死呢？总好过现在要让我亲自来动手……
然而锦衣卫不能让朱元璋留下李善长，这几年明争暗斗，除掉的功臣固然不少，但锦衣卫也损兵折将，连一手创立诏狱的毛骧，也被朱元璋为了平息众怒而推出去做了胡惟庸的垫背。这使得锦衣卫的人知道，和功臣们的斗争是你死我活的，若是李善长活着，他们就得死，反之亦然。
没想到李善长都下狱了，朱元璋竟开始犹豫，这是锦衣卫所不能容忍的。
没过多久，钦天监的一位官员向朱元璋报告说有“星变”，按照天人感应来说，当“主大臣移位”。朱元璋越老越迷信，一听此言，立刻明白“大臣”指的就是李善长。
于是，首功之臣李善长就这么丢了性命，和他一起赴死的还有他的妻、女、弟、侄等一共七十多人。只有长子李祺和他的两个孩子，因为临安公主的缘故得以免死，流放江浦了事。
二百多年后的崇祯二年（1629年），有一个叫李世选的人手捧朱元璋御笔龙封，从安徽绩溪来到北京城，向朝廷要求平反李善长一案。这个李世选，自称是临安公主的后人、李善长的十世孙。而他手里的御笔龙封，据说是在李善长之案后，临江公主向朱元璋陈诉公公家的冤屈，朱元璋为了安慰女儿亲笔所写，许诺二百一十六年之后为李家平反！
锦衣卫挂牌（6）
据史料记载，朝廷上下对这御笔龙封经过仔细鉴定，得出了伪造的结论，将李世选关进了诏狱。直到数十年后，流亡的南明小朝廷才在明朝抵抗势力几乎消耗殆尽的时候，为李善长平反并追加封谥。
时间再过二百多年，如今的我们再来看这御笔龙封的故事，仍然可以看到即使在政治高压之下，民间仍有其根深蒂固的善恶标准。无论朱元璋加给李善长什么罪名，在民间的话语中，他的确应该给李善长以及无辜的人一个交代！
而在当日，杀戮并未完结，文臣的血随着李善长的死流得差不多了，朱元璋的目光又转向了武将。
国公之死（1）
如何掌控功臣，是朱元璋从称吴王以来就一直在考虑的问题，除了封赏杀伐外，把“外人”变成“自己人”——联姻——也是很重要的一个手段。从朱元璋的儿子女儿成年后，他和功臣们之间的羁绊除了最初刀口舔血的友情以及立国后的君臣之义外，又增加了亲家情分。
刚立国时，朱元璋和功臣们也都是风华正茂的年纪，而他们的子女还都幼小，到了洪武八九年，亲王公主们多已成年，元勋宿将们的孩子也已长到婚嫁之龄，朱元璋遂和他们倾心结纳——皇太子朱标的老丈人是常遇春，李善长的儿子娶了临安公主，傅友德的儿子娶了寿春公主，而邓愈之女为秦王妃，汤和之女为鲁王妃，蓝玉之女为蜀王妃……和皇家最为亲善的是徐达，他的三个女儿，分别为燕王妃、代王妃和安王妃。至于年纪稍长的功臣家的女儿，朱元璋自己就笑纳了——反正后宫大得很，三宫六院七十二妃也很正常嘛。
而这些勋贵之间的姻亲关系更为复杂，邓愈和李善长若是从朱元璋的角度来说，都是皇族的亲家，但他们两人私下算起来，李善长却比邓愈大上一辈——邓愈的儿子娶了李善长的外孙女。真不知道若是在家宴上，两人该如何称呼？至于其他和朱元璋关系并不密切如胡惟庸者，就去和诸功臣家联姻以求富贵荣华。
同时，诸位皇子也在娶妻后被朱元璋分封于各地，“外卫边陲，内资夹辅”。毕竟洪武八九年时的明朝还没有完全结束统一战争，让皇子们以亲王身份分镇各地，既是对他们的锻炼，也是对领兵将领的监视。像徐达、傅友德、蓝玉这样的高级将领几乎年年在外征战，但真正的最高军事统帅并非他们，而是他们领兵所在地的藩王。比如日后发动靖难之役赶走侄子自己当上皇帝的成祖�